Ideologisch-programmatische ontwikkeling
De ChristenUnie was een voortzetting van het GPV en de RPF, maar bood tegelijkertijd ook kansen voor (ideologische) vernieuwing. De eerste vernieuwing, de naam ChristenUnie, was niet onomstreden en gaf al enigszins een ideologische richting aan. De naam ChristenUnie verwijst in tegenstelling tot GPV en RPF namelijk niet meer naar een gereformeerde geloofstraditie, maar kan alle christenen aanspreken en zelfs worden geïnterpreteerd als een oproep tot eenheid (unie) voor alle christenen.
De eerste documenten, de Uniefundering en de Unieverklaring uit 2000, waren kort en gingen meer over geloof dan over politiek. Het eerste echte beginselprogramma was het Kernprogramma uit 2001, dat vergeleken met latere partijdocumenten vooral opvalt wegens een enigszins formele stijl. Verder is er veel aandacht voor de conservatieve medisch-ethische standpunten van de ChristenUnie. De partij was en is nog altijd principieel tegen abortus en euthanasie, maar bijvoorbeeld ook tegen gokken, drugs en prostitutie.
Periode André Rouvoet (2002-2011)
De eerste partijleider Kars Veling heeft mede door zijn korte periode als partijleider geen grote invloed gehad op de ideologie van de ChristenUnie. Het was vooral de tweede partijleider, André Rouvoet, die vanaf 2002 de ChristenUnie een herkenbare ideologische identiteit heeft gegeven. De ChristenUnie was kritisch over de Europese Unie. Zij was wel voor samenwerking, maar tegen een “superstaat”, kritisch op de euro en vaak ook tegen uitbreiding van de EU. In 2006 voerde Rouvoet een campagne tegen de Europese grondwet; dit leverde de partij veel media-aandacht en stemmen op. Rouvoet was erin geslaagd zijn partij een betrouwbaar en integer imago te geven en een pragmatische koers te laten varen, zonder principiële standpunten los te laten. Een goed voorbeeld hiervan is abortus. Zolang een verbod niet haalbaar was, zette de ChristenUnie zich vooral in om het aantal abortussen naar beneden te brengen.
Periode Arie Slob (2011-2015)
Arie Slob viel als partijleider vooral op door zijn inzet voor onderwijs en werd later ook minister van Onderwijs in het kabinet-Rutte III. Onder zijn leiderschap zette de partij een nieuwe stap in het verbreden van de beoogde christelijke achterban. De Uniefundering uit 2000 werd in 2015 vervangen door de Grondslag. In deze Grondslag werd niet langer verwezen naar de Drie Formulieren van Eenheid. Deze gereformeerde geloofsartikelen waren aangenomen bij de Synode van Dordrecht (1618-1619) maar bevatten ook enkele afkeurende passages over de Katholieke mis en de volwassendoop. In plaats daarvan kwam de -voor alle christenen aanvaardbare- Geloofsbelijdenis van Nicea.
Periode Gert-Jan Segers (2015-2022)
Onder leiding van Gert-Jan Segers is de ChristenUnie een meer sociale koers gaan varen. Segers, die als zendeling zeven jaar in Egypte had gewerkt, was mede hierdoor bijzonder begaan met het lot van vluchtelingen in Nederland. Onder zijn leiding kwam een nieuw beginselprogramma tot stand: Vrede zoeken, recht doen (2018). Dit beginselprogramma verwijst naar teksten uit vrijwel alle verschillende christelijke geloofstradities en bevestigt daarmee dat de partij meer een algemeen christelijke dan een gereformeerde partij was geworden.
In het verkiezingsprogramma Kiezen wat écht telt uit 2021 sprak de partij zich duidelijk uit voor een circulaire landbouw en een streven naar klimaatneutraal beleid. In eerdere verkiezingsprogramma’s was ook veel aandacht voor milieu, maar werd ook uitgebreid gepleit voor ruimte voor boeren en vissers en werd minder duidelijk hoe deze eisen samen moesten gaan. Voorts was dit verkiezingsprogramma positiever over de Europese Unie dan eerdere programma’s. Al voor de grootschalige invasie van Rusland in Oekraïne werd hier gepleit voor een sterke Europese Unie als bescherming tegen mogelijke agressie vanuit Rusland of China. Ten slotte werd in dit programma ook gepleit om anticonceptie vanuit het basispakket van de zorg te vergoeden. Dit is een ander voorbeeld van een meer pragmatische koers. De ChristenUnie is bereid om ook beleid te voeren dat op het eerste gezicht niet in overeenstemming lijkt met haar traditionele christelijke waarden, zolang dat in dienst staat van één van haar belangrijkste kernwaarden: het terugdringen van het aantal abortussen.
Periode Mirjam Bikker (sinds 2022)
In 2022 kreeg de ChristenUnie met Mirjam Bikker haar eerste vrouwelijke partijleider. In 2024 werden zelfs alle belangrijke functies binnen de partij door vrouwen bekleed, al sprak de partij zelf van toeval. Een andere opmerkelijke ontwikkeling is dat de katholieke en openlijk met een man samenwonende Eric Holterhues in 2023 namens de ChristenUnie in de Eerste Kamer mocht plaatsnemen. Homoseksualiteit blijft overigens wel een controversieel onderwerp binnen de partij. In augustus 2025 is het standpunt van de ChristenUnie dat LHTBI-ers in alle geledingen van de partij actief mogen deelnemen, maar dat het huwelijk alleen bestemd is voor een man en een vrouw.
Met Mirjam Bikker lijkt de ChristenUnie wat terug te komen van de relatief linkse koers van Segers en te kiezen voor een meer expliciet christelijke koers. In 2025 moet Bikker de eenheid binnen haar partij bewaren als het gaat om het standpunt over Israël. De ChristenUnie is altijd pro-Israël geweest. Vanuit de Bijbel voelen veel christenen zich verbonden met het Joodse volk en dus ook met de staat Israël. De ChristenUnie heeft bijvoorbeeld in ieder verkiezingsprogramma gepleit voor het verplaatsen van “de Nederlandse ambassade naar de ongedeelde hoofdstad Jeruzalem.” Maar door het hoge aantal burgerslachtoffers in Gaza kwam het pro-Israël standpunt van de partij onder druk te staan. Tijdens verschillende partijcongressen bleek uit de stemverhouding voor verschillende moties, dat ongeveer een derde van de ChristenUnie-leden voorstander was van een meer kritische benadering van Israël.