Multi-omics approaches for better understanding of the downstream effects of genetic risk factors
| Promotie: | Mw. D. (Dasha) Zhernakova |
| Wanneer: | 12 september 2016 |
| Aanvang: | 11:00 |
| Promotors: | prof. dr. C. (Cisca) Wijmenga, prof. dr. L.H. (Lude) Franke |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Studie naar ontbrekende schakels tussen ziekte en genetische afwijking
Tussen genetische variatie en complexe ziekten zitten meerdere stappen die wetenschappers nog niet helemaal begrijpen: transcriptie van DNA naar RNA, en van deze ‘DNA-vertaler’ naar een bepaalde verschijningsvorm van een ziekte. Daria Zhernakova bestudeerde die laatste twee stappen door de verschijningsvorm van een ziekte te vergelijken met RNA-data. Ze deed dat door gebruik te maken van een nieuwe, veelbelovende analysemethode: expression quantative trait loci mapping, eQTL.
Om te begrijpen welke genetische variaties welke ziekten veroorzaken, is het bestuderen van genetische variaties alleen niet genoeg. Niet iedere drager van een bepaalde mutatie wordt ziek, of, om het nog ingewikkelder te maken, soms worden mensen ziek zonder dat ze een bekende genetische afwijking hebben. RNA-sequencing is een relatief nieuwe methode om celveranderingen, veroorzaakt door veranderingen in DNA of RNA, vrij exact te meten. Om beter inzicht te krijgen in deze onderliggende ziektemechanismen onderzocht Zhernakova met de eQTL-methode de ‘downstream’ effecten van met ziekte geassocieerde genetische varianten op genexpressie.
De promovenda stelde vast dat, opmerkelijk genoeg, ook niet-coderende genen (genen die geen genetisch materiaal vertalen naar eiwitten) een belangrijke rol kunnen spelen in ziektemechanismen. Deze niet-coderende genen kunnen namelijk beïnvloed worden door SNPs (single nucleotide polymorphisms), de meest voorkomende vorm van genetische variatie tussen mensen. Zulke SNPs bevinden zich vaak in het DNA tussen genen, en kunnen invloed uitoefenen op een of meerdere genen. Zhernakova concludeert verder ook dat eQTLs kunnen helpen om de effecten van celtypen en context-afhankelijke factoren op te sporen, met alleen gegevens over genen en genexpressie. Het onderzoek draagt bij aan een beter begrip van de mechanismen die ten grondslag liggen aan genetisch overdraagbare ziekten.
Daria Zhernakova (1988) studeerde computationele taalkunde aan de universiteit van Sint-Petersburg. Ze verrichtte haar promotieonderzoek binnen onderzoeksinstituut GUIDE van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Het onderzoek werd betaald vanuit een subsidie vanuit het 7th Framework Programme (FP7/2007-2013) van de Europese Unie. Zhernakova is als onderzoeker verbonden aan de St. Petersburg State University in Rusland.