Integration techniques for modern bioinformatics workflows
| Promotie: | Dhr. A. (Alexandros) Kanterakis |
| Wanneer: | 11 juli 2018 |
| Aanvang: | 09:00 |
| Promotors: | M.A. (Morris) Swertz, prof. dr. C. (Cisca) Wijmenga |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Verbeterde technieken voor moderne bio-informatica
Genetische analyse workflows moeten bepaalde kwalitatieve criteria bereiken, zodat analyse van genetische data gestandaardiseerd wordt. Dat concludeert Alexandros Kanterakis in zijn proefschrift. Kanterakis beschreef dergelijke criteria en presenteerde technieken waarmee onervaren gebruikers helpen bij het gebruiken van genetische datasets. Zijn onderzoek draagt bij aan eenvoudiger en betrouwbaar dataonderzoek van verzamelde genetische gegevens.
Grote technologische vooruitgang maakt het mogelijk om op grote schaal de genetica van mensen in kaart te brengen. De procedures zijn snel en relatief goedkoop, en genereren grote hoeveelheden data. Interpretatie hiervan kan nieuw inzicht geven in menselijke fysiologie en zo bijdragen aan de verbetering van prognose en behandeling van ziekten. Echter, het omzetten van deze data in betekenisvolle kennis is een grote uitdaging. Bio-informatica richt zich daarom op het combineren van bestaande computationele oplossingen tot herbruikbare componenten, ook wel workflows genoemd, teneinde biologische data te analyseren.
In zijn proefschrift presenteert Kanterakis een collectie van nieuwe technieken die de kwaliteit van moderne bio-informatische workflows moeten verbeteren. Kanterakis richt zich niet alleen op het efficiënt automatiseren van analyses, maar ook op de technieken die onervaren gebruikers helpen bij het inzetten van workflows. Ook laat hij zien hoe gebruikers aangemoedigd kunnen worden om deel te nemen aan community gebaseerde ondersteuningssystemen en kunnen leren om workflows te onderhouden door het concept van crowdsourcing. Samenvattend leidt het onderzoek van Kanterakis tot technieken die gebruikt kunnen worden om de reproduceerbaarheid van onderzoek te verhogen en genetica sneller dichterbij de klinische praktijk te brengen.
Alexandros Kanterakis (1978) studeerde Informatica aan de universiteit van Kreta, Griekenland. Zijn onderzoek voerde hij uit bij de afdeling Genetica van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Het onderzoek werd gefinancierd door de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO). Kanterakis is nu werkzaam als onderzoeker bij de Foundation for Research and Technology in Heraklion (FORTH) in Griekenland. De titel van zijn proefschrift luidt: “Integration techniques for modern bioinformatics workflows”.