Context matters
| Promotie: | Dhr. D.H. (Dylan) de Vries |
| Wanneer: | 14 december 2022 |
| Aanvang: | 09:00 |
| Promotors: | prof. dr. L.H. (Lude) Franke, prof. dr. C. (Cisca) Wijmenga |
| Copromotor: | dr. M.G.P. van der Wijst |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Genexpressie in het immuunsysteem ontrafeld met single-cell RNA sequencing
Het menselijk immuunsysteem is een complex systeem dat wij nog niet volledig begrijpen. Factoren zoals genetica, het type ziekteverwekker dat je aanvalt en eerdere blootstellingen hebben allemaal effect op de reactie van je lichaam, en dit maakt dat ieder immuunsysteem anders reageert. Toch kan de reactie van het immuunsysteem nu mogelijk toch onderzocht worden met behulp van een nieuwe techniek genaamd single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). In dit proefschrift onderzocht De Vries cellen met verschillende genetische opbouw en de bijbehorende genexpressie met behulp van scRNA-seq, om hun reactie op blootstelling aan ziekteverwekkers in kaart te brengen.
Er was al bekend dat de scRNA-seq techniek gebruikt kan worden voor het vaststellen van de genexpressie van afzonderlijke cellen, maar in dit onderzoek liet De Vries zien dat het ook een goede methode is om het samenspel tussen genetica en genexpressie te bestuderen. De Vries ontwikkelde ook handleidingen voor het gebruik van scRNA-seq, en hij zette een consortium op waarin onderzoekers uit het veld bij elkaar werden gebracht om grootschalige onderzoeken op te zetten.
Met deze werkende techniek binnen handbereik, ontrafelde De Vries ook veranderingen in de genexpressie van verschillende celtypes als ze werden blootgesteld aan verscheidene ziekteverwekkers. Hij vond ook dat de variantie in de genen de co-expressie kan beïnvloeden, wat suggereert dat de genetica bepaald hoe de genen binnen de cellen in het immuunsysteem samenwerken. Met deze resultaten hoopt De Vries een bijdrage te leveren aan een beter begrip van het immuunsysteem.
Curriculum Vitae Dylan de Vries
De titel van het proefschrift luidt: “Context matters - The power of single-cell analyses in identifying context-dependent effects on gene expression in blood immune cells.” Dylan de Vries (1994) studeerde Bioinformatics aan de Vrije Universiteit en Universiteit van Amsterdam. Hij deed zijn promotieonderzoek bij het GUIDE instituut van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Inmiddels is hij werkzaam als bio-informaticus bij Ancora health.