On the transport mechanism of energy-coupling factor transporters
| Promotie: | L.J.Y.M. (Lotteke) Swier |
| Wanneer: | 23 december 2016 |
| Aanvang: | 11:00 |
| Promotors: | prof. dr. D.J. (Dirk) Slotboom, prof. dr. B. (Bert) Poolman |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Studie van vitaminetransport bacteriën
Energy-coupling factor (ECF) transporters zijn membraaneiwitten die de opname van vitamines verzorgen in prokaryoten, waaronder vele pathogene bacteriën. Bij mensen zijn nog geen ECF transporters aangetroffen. Dat maakt ze een aantrekkelijk doel voor de ontwikkeling van antimicrobiële middelen. Het onderzoek van Lotteke Swier is gericht op het onderzoeken van binding van vitamines aan het substraatbindende domein (S-component) van deze transporters, en het daaropvolgende transport uitgevoerd door de gehele ECF transporter.
Swier heeft eerst de methode van structuur-gebaseerd ontwerp van thiamine derivaten gebruikt om meer informatie te winnen over welke functionele groepen in thiamine (vitamine B1) en welke residuen van de thiamine-specifieke S-component ThiT belangrijk zijn voor de sterke binding van thiamine aan ThiT. Daarna maakte zij een nieuw werkmodel voor het transportmechanisme van ECF transporters. Dit is opgesteld na het ophelderen van twee kristalstructuren van de ECF transporter voor foliumzuur (vitamine B11) en één van de bijbehorende S-component in de foliumzuur-gebonden toestand.
Vervolgens heeft Swier een nieuwere versie van dit werkmodel gemaakt aan de hand van nieuwe resultaten aangaande de dissociatie van de S-component van het transporter complex. Ten slotte beschrijft zij een inhibitor voor de ECF transporters van de bacterie Lactobacillus delbrueckii. Deze inhibitor zou de ECF transporters in een bepaalde toestand van de transport cyclus vast kunnen zetten, wat kan leiden tot meer inzicht in het transportmechanisme van de ECF transporters. Bovendien kan dit een eerste stap zijn in de ontwikkeling van een nieuw soort antibioticum tegen pathogene bacteriën die afhankelijk zijn van vitamine opname door ECF transporters.
Het promotieonderzoek van Lotteke Swier is verricht bij de afdeling Enzymologie van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute met financiering van NWO. Zij werkt nu als postdoc aan de RUG.