Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Surfing the metabolome. Application of high resolution mass spectrometry to the analysis of single cell organisms

03 september 2010

Promotie: dhr. R.A. Scheltema, 13.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Surfing the metabolome. Application of high resolution mass spectrometry to the analysis of single cell organisms

Promotor(s): prof.dr. R.C. Jansen, prof.dr. R. Breitling

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

 

Nieuwe bioinformatica strategieën voor 'untargeted metabolomics'

Data die uit zogenaamde 'untargeted metabolomics' experimenten met massa spectrometrie worden verkregen, zijn erg complex. Om er relevante informatie uit te distilleren moeten de informatici slim te werk gaan. Een typisch profiel bevat naast de signalen afkomstig van echte metabolieten, ook grote hoeveelheden aan verschillende soorten ruis, inclusief signalen afkomstig van afgeleide moleculen (b.v. isotopen, toevoegingen en fragmenten). De uitdaging is om de signalen van de echte metabolieten te detecteren, identificeren en te kwantificeren op een betrouwbare manier.

Het doel van het onderzoek van Richard Scheltema was het ontwikkelen van bioinformatica-strategieën en -hulpmiddelen om de complexe data te analyseren die afkomstig zijn van eencellige organismen. Daarvoor bestudeerde hij de protozoa parasiet Leishmania donovani en de Gram-positieve bacterie Streptomyces coelicolor. Deel 1 beschrijft het experimentele protocol om de massa spectrometrie analyse uit te voeren en een nieuwe aanpak voor de analyse van de opgenomen data. Deel 2 beschrijft de twee biologische studies. De eerste leidde tot de indentificatie van metabolieten uit L. donovani die waren ontstaan tijdens de ontwikkeling van resistentie tegen geneesmiddelen. In de tweede ging het om metabolieten uit S. coelicolor die ontstaan tijdens de reactie op zout-stress. Deel 3 bespreekt de vooruitzichten van metabolomics onderzoek en definieert enkele toekomstige onderzoeklijnen.

Richard Scheltema (Bolsward, 1975) studeerde Computing Science in Groningen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij het Groningen Bioinformatics Centre. Scheltema gaat door in het onderzoek bij het Max Planck Institute for Biochemistry.

 
Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:39
printView this page in: English

Meer nieuws

  • 22 januari 2019

    NNV-Diversiteitsprijs 2018 voor de Faculty of Science and Engineering

    De eerste editie van de NNV-Diversiteitsprijs is gewonnen door de Faculty of Science and Engineering van de Rijksuniversiteit Groningen. De NNV heeft de prijs in het leven geroepen voor de natuurkunde-instelling die het succesvolst is in het in de praktijk...

  • 16 januari 2019

    Twee jonge onderzoekers naar topinstituten met Rubiconbeurs

    Dr. Michael Lerch en Sanne van Dijk, twee veelbelovende RUG-wetenschappers, gaan dankzij het programma Rubicon van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) twee jaar onderzoek doen aan buitenlandse topinstituten.

  • 14 januari 2019

    RUG-student Boomstra opnieuw wereldkampioen dammen

    Roel Boomstra heeft voor de tweede keer de wereldtitel dammen gewonnen. Hij nam het op tegen viervoudig wereldkampioen Alexander Schwarzman. In 2016 veroverde Roel Boomstra de wereldtitel ook al. Boomstra is masterstudent Physics aan de Rijksuniversiteit...