Application of next-generation sequencing in microbiology
| Promotie: | Dhr. L.P. (Leonard) Schüle |
| Wanneer: | 06 april 2022 |
| Aanvang: | 14:30 |
| Promotors: | prof. dr. J.W.A. (John) Rossen, prof. dr. A.W. Friedrich |
| Copromotors: | dr. S. Peter, dr. N. Monge Gomes do Couto |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Toepassing van next-generation sequencing in de microbiologie: van klinische diagnostiek tot one-health surveillance
De toename van het aantal infecties met multiresistente bacteriën en de opkomst van dier op mens overdraagbare pathogenen worden beschouwd als belangrijke uitdagingen voor de mondiale volksgezondheid. De toepassing van moderne technologieën voor de ontwikkeling van nieuwe diagnostische strategieën voor het aantonen van besmettelijke ziekteverwekkers is in het belang van zowel de patiënt, het ziekenhuis en de openbare gezondheidszorg.
Nucleïnezuren zijn de bouwstenen van alle bekende levensvormen. Next-generation sequencing (NGS)-platforms kunnen de volgorde van miljoenen nucleïnezuren bepalen en hierdoor nieuwe terreinen ontsluiten in de medische diagnostiek. NGS kan worden toegepast op gekweekte bacteriën om informatie te verkrijgen over de volledige genetische samenstelling (het genoom) van bacteriën (whole-genome sequencing, WGS). Schuele heeft in zijn proefschrift WGS toegepast om genetische vingerafdrukken te creëren van antibiotica-resistente Enterococcus-bacteriën, een vaak voorkomende oorzaak van ziekenhuisuitbraken, om de bron van een uitbraak in een regionaal Duits universitair medisch centrum op te sporen en verspreidingsroutes te ontrafelen. Daarnaast heeft hij WGS gebruikt om op een snelle manier een mogelijke antimicrobiële resistentie van Mycobacterium tuberculosis (de veroorzaker van tuberculose) op te sporen.
Nucleïnezuren kunnen ook zonder kweek rechtstreeks uit patiëntenmateriaal worden geëxtraheerd om op deze manier de aanwezigheid van bacteriën, schimmels, parasieten en virussen aan te tonen. Deze nieuwe en veelbelovende benadering staat echter nog voor veel uitdagingen, voordat zij in de klinische diagnostiek kan worden toegepast. Schuele heeft deze aanpak eveneens toegepast en geoptimaliseerd om micro-organismen, virussen en antimicrobiële resistentie op te sporen in patiënten, dieren en de ziekenhuisomgeving.
CV Leonard Schuele
Leonard Philipp Schuele 1986 behaalde zijn bachelor in Agrobiologie aan de Universiteit van Hohenheim, Duitsland, waar hij zijn praktijksemester in Agrobiotechnologie voltooide en zich specialiseerde in bio- en milieuanalyses. In 2013 voltooide hij zijn master in de biologie met als hoofdvak microbiologie aan de Universiteit van Hohenheim, Duitsland, met een semester in het buitenland aan de Universiteit van Kopenhagen. Daarna werkte hij in 2015 als wetenschappelijk onderzoeker aan de Universiteit van Tübingen op het gebied van klinische microbiologie. In 2017 is hij gestart als promovendus onder begeleiding van Prof. Dr. John W.A. Rossen, Prof. Dr. Alex W. Friedrich, Prof. Dr. Silke Peter en Dr. Natacha Couto aan het Universitair Medisch Centrum Groningen. De titel van zijn proefschrift luidt: Application of Next-Generation Sequencing in Microbiology: From Clinical Diagnostics to One Health Surveillance.