Aspects of the microglia transcriptome

RNA profielen van microglia cellen in het brein van verschillende organismen geanalyseerd en vergeleken

Microglia zijn cellen in ons brein die een belangrijke rol spelen bij het opruimen van ziekteverwekkers en het herstellen van schade. Over het algemeen zijn deze cellen plaatsgebonden zijn terwijl de cel-uitlopers de omliggende omgeving scannen. Als ze een bedreiging detecteren komen ze in actie en proberen ze de bedreiging weg te halen. Alhoewel, microglia veel onderzocht, is het nog niet bekend hoe deze microglia reageren op een verandering van specifieke omstandigheden. In dit proefschrift onderzoekt Dubbelaar de RNA-profielen, ook wel transcriptomen genoemd, van deze microglia in verschillende omstandigheden en bij verschillende organismen. Zo hoopt ze meer duidelijkheid te krijgen hoe deze veranderingen invloed hebben op het transcriptoom profiel van deze cellen.

Uit het onderzoek van Dubbelaar bleek onder andere dat het aantal detecteerbare microglia bij muizen en mensen afnemen na het overlijden. Daarnaast vergeleek Dubbelaar ook het transcriptoom van microglia in zebravissen, muizen, makaken en mensen, en vond verschillende genen die in alle organismen terugkwamen. Het transcriptoom van de mens en de makaak vertoonden wel meer overeenkomsten dan het profiel van de mens en de muis.

Tot slot ontwikkelde Dubbelaar een interactief platform om de data van studies naar glia cellen (waaronder microglia) beter en overzichtelijker te bewaren, zodat deze data in de toekomst makkelijker kan worden gebruikt voor onderzoek.

Curriculum Vitae

Marissa Dubbelaar (1993) studeerde Bio-informatica aan de Hanzehogeschool Groningen. Haar promotieonderzoek　vond　plaats bij de afdeling Neurowetenschappen van het BCN-BRAIN instituut van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Inmiddels is zij werkzaam als Bioinformaticus bij de Eberhard Karls Universität Tübingen. De titel van haar proefschrift luidt: "Aspects of the microglia transcriptome: Microglia information converted to RNA-seq outputs generates laborious integrative analyses".

https://www.umcg.nl/NL/UMCG/Nieuws/Persberichten/Paginas/microglia-ontwikkeling-foetale-brein-verstoren.aspx

Proefschrift: http://hdl.handle.net/11370/bcd31159-da03-42d4-8c9d-921ed54c8c53