Evolution of karyotype landscapes in cancer
| Promotie: | Dhr. B. (Bjorn) Bakker |
| Wanneer: | 21 april 2021 |
| Aanvang: | 14:30 |
| Promotors: | prof. dr. ir. F. (Floris) Foijer, prof. dr. G. (Gerald) de Haan |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Evolutie van karyotype landschappen bij kanker
De samenstelling van chromosomen heet het karyotype. Cellen met een afwijkend karyotype worden aneuploïd genoemd en door het onjuiste aantal chromosomen kunnen zij niet meer goed werken. Chromosomale instabiliteit (CIN) is het proces waarbij cellen vaker dan normaal chromosomen missegreren. Het gevolg van CIN is dat cellen chromosomen winnen en verliezen, en daardoor een aneuploïd karyotype krijgen. Ondanks dat zij geassocieerd worden met verminderde celgroei, worden zowel aneuploïdie als CIN regelmatig gezien in kankercellen. Er wordt verondersteld dat CIN een adaptief vermogen geeft aan cellen door snel veranderingen in het genoom te bewerkstelligen die tumorgroei en metastase bevorderen. CIN draagt bij aan intratumorheterogeniteit, metastase en chemoresistentie. Kennis over de dynaniek van karyotype-evolutie, die noodzakelijk is om te begrijpen hoe CIN bijdraagt aan tumorontwikkeling, ontbreekt echter. Bestaande methoden voor karyotype kunnen karyotype-heterogeniteit niet volledig bepalen. Bakker had als doel van zijn proefschrift om karyotype-evolutie in tumorcellen onderhevig aan constante CIN te begrijpen door middel van single-cell sequencing en nieuwe muismodellen.
Een nieuw bio-informatisch programma, Aneufinder, is ontwikkeld om karyotypes in individuele tumorcellen te bepalen. Met behulp van single-cell sequencing en Aneufinder toont Bakker aan dat in muismodellen voor T-cellymfoom de tumoren snel selecteren voor specifieke karyotypen om tumorgroei te bevorderen. Deze bevindingen worden ondersteund door een computermodel en verder onderzocht in humane kankers, waaronder B-celleukemie, basaal celcarcinoom en kinderkankers.
Samengevat onderschrijven de resultaten dat CIN een drijvende kracht is achter tumorheterogeniteit en aanpassingsvermogen, wat gebruikt kan worden om tumorontwikkeling beter te begrijpen en dus prognoses te verbeteren.
CV Bjorn Bakker Bjorn Bakker (1989) studeerde Biomedical Sciences aan de Rijksuniversiteit Groningen. Zijn promotieonderzoek vond plaats bij Floris Foijer in het European Institute for the Biology of Ageing (ERIBA). Hij is momenteel werkzaam als post-doc bij het Francis Crick Institute in Londen. De titel van zijn proefschrift luidt: Evolution of karyotype landscapes in cancer.