Next-generation sequencing to investigate antimicrobial resistance
Monitoren van antibioticaresistente bacteriën met next-generation sequencing
Steeds meer bacteriën worden resistent tegen de antibiotica die wij tegen ze gebruiken, en dit leidt wereldwijd tot veel doden. Om de verspreiding van deze resistente bacteriën in de gaten te houden en te voorkomen, is het belangrijk om ze goed te kunnen detecteren. Hiervoor maken onderzoekers gebruik van moleculaire technieken, waarmee ze het genoom van de bacteriën kunnen detecteren. In dit proefschrift gebruikt Fleres een moleculaire techniek gebaseerd op next-generation sequencing (NGS) om resistente bacteriën in ziekenhuizen en dierhouderijen te monitoren en karakteriseren.
Voor zijn onderzoek verzamelde Fleres kraanwatermonsters uit ziekenhuisafdelingen en speekselmonsters van varkens in varkenshouderijen en testte deze op de aanwezigheid van resistente bacteriën. Het gebruik van shotgun metagenomics, een op NGS-gebaseerde methode, waarbij het genoom in het monster bepaald werd zonder eerst de bacteriën op te kweken, bleek hiervoor een toepasbare en waardevolle benadering.
Daarnaast vond hij dat het voor het identificeren van bacteriën die resistent zijn tegen “laatste-redmiddel” antibiotica, zoals Carbapenem-resistentie, goed is om ook een kweek te gebruiken. Tot slot bleek een combinatie van short- en long-read sequencing van het hele genoom geschikt voor het in de gaten houden van genen die de bacteriën resistent maken, om omgevingsstammen te karakteriseren en om de epidemiologie, waaronder genetische verwantschap, van de bacteriën te onderzoeken. Met deze resultaten hoopt Fleres een bijdrage te leveren aan het beter monitoren van antibioticaresistente bacteriën.
Curriculum Vitae Giuseppe Fleres
De titel van het proefschrift luidt: “Next-generation sequencing to investigate antimicrobial resistance – A one-health perspective.” Giuseppe Fleres (1989) studeerde Cellulaire en Moleculaire biologie aan de Universiteit van Catania, Italië. Hij deed zijn promotieonderzoek bij de afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie van het GUIDE instituut van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Inmiddels is hij werkzaam als postdoctoraal onderzoeker aan de Universiteit van Pittsburgh, Verenigde Staten.