Inflammatory biomarker genomics

Nieuwe genetische varianten gevonden voor klinisch relevante ontstekingseiwitten

In zijn onderzoek naar genetische determinanten van ontstekingseiwitten ontdekten Bram Prins en zijn UMCG-collega’s vijf nieuwe genetische ‘loci’ voor de bloedspiegels van twee ontstekingseiwitten die in de kliniek veel gebruikt worden. Ook vonden ze een gemeenschappelijke genetische component voor het ontstekingseiwit CRP en de ziekte schizofrenie. Voor een beter begrip van het effect van genetische loci op complexe biologische eigenschappen, zoals bloedspiegels van ontstekingseiwitten, moeten volgens Prins meerdere lagen moleculaire informatie worden gecombineerd.

Ontstekingsbiomarkers zijn een groep van eiwitten die in het bloed circuleren en die een sleutelrol spelen in ontstekingsprocessen. De bloedniveaus van ontstekingsmarkers zijn gedeeltelijk genetisch bepaald en verhoogde niveaus ervan zijn een kenmerk van vele verschillende ziekten. Prins onderzocht hoe tot nu toe onbekende genetische locaties op moleculair niveau betrokken zijn bij het aansturen van ontstekingseiwitten. Hij bestudeerde dat op basis van twee grote, genoombrede associatiestudies. Zulk onderzoek kan laten zien welke genetische gebieden een rol spelen bij complexe eigenschappen zoals bloedspiegels van ontstekingseiwitten, en of deze een rol spelen in bepaalde ziekten door te kijken naar overlap.

In totaal stelden Prins en zijn collega’s vijf nieuwe genetische ‘loci’ vast voor de bloedspiegels van twee veel voorkomende ontstekingseiwitten: TNF-alfa en Interleukine-6. Om de kwaliteit van de gegevens voor deze studies te controleren, gebruikte hij een softwarepakket dat door zijn groep is ontwikkeld. Ook toonde hij aan dat er een gedeelde genetische component is tussen de bloedspiegels van CRP, een ander ontstekingseiwit, en schizofrenie, met een indicatie voor een causaal verband; het lijkt erop dat verhoogde niveaus van CRP bescherming bieden tegen de ontwikkeling van schizofrenie.

Het proefschrift sluit af met een review, dat wil zeggen een kritische bespreking, van genoombrede associatiestudies naar coronaire hartziekte – een hartziekte veroorzaakt door afwijkingen aan de kransslagaderen. Hier betogen Prins en zijn medeauteurs dat het uitvoeren van genoomwijde associatiestudies slechts een eerste stap is op weg naar een beter moleculair begrip van een ziekte of biologische eigenschap. Een beter beeld ontstaat volgens hen pas door het integreren van verschillende lagen data over moleculaire tussenproducten en hun onderlinge interacties.

Bram Prins (1979) studeerde medische biologie aan de Rijksuniversiteit Groningen. Hij verrichtte zijn promotieonderzoek bij de afdeling Epidemiologie en binnen onderzoeksinstituut GUIDE van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Het onderzoek werd gefinancierd door het UMCG en een NWO VENI beurs van Prins’ begeleider Behrooz Alizadeh. Prins werkt nu als statistisch geneticus in het Welcome Trust Sanger Institute.

Proefschrift: http://hdl.handle.net/11370/facdf8b0-f8f0-4280-b4de-6052925f382c