DNA methylation and copy number signatures in bone and soft tissue tumors: impact on classification and therapy response prediction
DNA-methylatie en kopieaantalpatronen in bot- en weke delen tumoren
Impact op classificatie en voorspelling van therapierespons
Bot- en wekedelentumoren zijn zeldzaam en lastig te diagnosticeren. Een juiste diagnose is echter cruciaal, omdat deze tumoren sterk variëren in klinisch gedrag en behandeling. Daarom worden ze besproken in het bot- en wekedelenpanel, waar klinische gegevens, beeldvorming en weefselonderzoek worden geïntegreerd om tot de best mogelijke diagnose te komen. Toch blijft een eenduidige classificatie soms uit en is er behoefte aan aanvullende diagnostische hulpmiddelen.
In het proefschrift van Tony Kleijn wordt onderzoek gedaan naar twee moleculaire technieken die hierbij kunnen ondersteunen: DNA-methylatieprofilering en copynumbervariatie (CNV)-analyse. Hoewel deze methoden al succesvol worden toegepast bij hersentumoren, worden ze bij bot- en wekedelentumoren nog nauwelijks gebruikt. Het onderzoek toont aan dat ze ook hier duidelijke meerwaarde hebben.
Er wordt gezien dat methylatie- en CNV-profielen goed onderscheid maken tussen goedaardige fibro-osseuze laesies en kwaadaardige osteosarcomen in de aangezichtsbotten. Daarnaast blijkt dat odontogene myxomen een uniek moleculair profiel hebben, wat nieuwe inzichten biedt in deze zeldzame goedaardige kaaktumor.
Verder is aangetoond dat atypische pleiomorfe lipomateuze tumoren frequent TP53-afwijkingen hebben, in tegenstelling tot spoelcellige lipomen, en dat methylatie- en CNV-analyse helpt bij het onderscheiden van deze tumoren van kwaadaardige liposarcomen.
Tot slot blijkt dat deze technieken niet alleen diagnostische, maar ook prognostische waarde hebben. Ze verbeteren de risicostratificatie bij patiënten met een gastro-intestinale stromale tumor, en een deletie op chromosoom 11q24.1 lijkt een veelbelovende predictieve marker voor radiotherapierespons bij myxofibrosarcomen en ongedifferentieerde pleiomorfe sarcomen.