Multi-omics approaches to understand inflammatory bowel disease
Multi-omics-benaderingen voor het begrijpen van inflammatoire darmziekten
Inflammatoire darmziekten (IBD) zijn aandoeningen die langdurige en terugkerende ontstekingen in de darmen veroorzaken. De precieze oorzaak van IBD is nog onbekend, maar onderzoek laat zien dat de ziekte waarschijnlijk ontstaat door een combinatie van genetische aanleg, omgevingsfactoren en de gemeenschap van bacteriën in de darm (het darmmicrobioom).
In dit proefschrift van Iwan Hidding is het darmmicrobioom van kinderen onderzocht, die net de diagnose IBD hadden gekregen. We zagen dat hun microbioom op het moment van diagnose al kenmerken vertoonde die geassocieerd zijn met ziekte, in vergelijking met gezonde kinderen en kinderen met andere darmklachten, zoals poliepen.
Daarnaast bestudeerden we mensen met het Lynch-syndroom, een erfelijke aandoening die het risico op kanker sterk verhoogt, met name op darmkanker. Deze groep had een darmmicrobioom dat verschilde van dat van de algemene bevolking. Deze verschillen konden echter niet gebruikt worden om te voorspellen of er darmlaesies aanwezig waren.
Vervolgens onderzochten we somatische mutaties in darmweefsel van mensen met IBD. Somatische mutaties zijn genetische veranderingen die gedurende het leven ontstaan in cellen en verschillen van de genetische varianten waarmee iemand geboren wordt. We vonden dat deze mutaties vaak voorkwamen in genen die bekend zijn van zeer vroeg beginnende IBD en van primaire immuundeficiënties. Dit suggereert dat zulke mutaties mogelijk bijdragen aan het ontstaan of de voortgang van IBD op latere leeftijd.
Tot slot onderzochten we hoe genetica, omgeving, dieet en het darmmicrobioom samenhangen met IBD in de algemene bevolking. De resultaten laten zien dat vooral genetische aanleg en het darmmicrobioom sterk samenhangen met het voorkomen van de ziekte.