Bacterial strain differences associated with inflammatory bowel disease
Verschillen in bacteriestammen die verband houden met inflammatoire darmziekte
Darmbacteriën spelen een cruciale rol in de menselijke gezondheid. Veranderingen in de samenstelling van darmbacteriën kan leiden tot bijvoorbeeld inflammatoire darmziekten (Engelstalige afkorting: IBD). IBD wordt gekenmerkt door chronische darmontstekingen en een verstoorde barrièrefunctie van het darmepitheel. In de wetenschap zijn er tot op heden enkele IBD-geassocieerde groepen van Faecalibacterium en Mediterraneibacter geïdentificeerd, maar de onderliggende stamverschillen zijn nog niet duidelijk.
In het proefschrift van Niels Plomp zijn de verschillen van IBD-geassocieerde bacteriestammen van Faecalibacterium en Mediterraneibacter onderzocht. Voor dit onderzoek is een efficiënte methode ontwikkeld om bacteriën te isoleren en identificeren. Hiermee zijn meer dan 5000 bacteriën verzameld, waarvan ongeveer 1400 van IBD-patiënten.
Dankzij deze verzameling is de nieuwe bacteriesoort Faecalibacterium wellingii, die extracellulaire polymeersubstantie produceert, beschreven. Deze extracellulaire polymeersubstantie stimuleert darmepitheelcelgroei en expressie van genen die betrokken zijn bij de barrièrefunctie van darmepitheelcellen. Verder zijn IBD-geassocieerde bacteriestammen van deze soort toleranter tegenover zuurstof en reactieve zuurstofsoorten en bezitten zij meer kopieën van genen die betrokken zijn bij oxidatieve stress.
De in het proefschrift onderzochte wereldwijde distributie van Mediterraneibacter gnavus toonde aan dat deze bacteriesoort frequenter en in een hogere mate aanwezig is in personen uit verwesterde samenlevingen. Daarnaast werd een hoogwaardige genoomsequentiecollectie opgezet, waarmee groepen bacteriestammen en bepaalde genen zijn geïdentificeerd die specifiek zijn voor patiënten met de ziekte van Crohn.
Dit proefschrift beschrijft IBD-geassocieerde stamverschillen die de mogelijkheid geven om te overleven in uiteenlopende omstandigheden in de darm. Deze stamverschillen spelen mogelijk een belangrijke rol bij de beïnvloeding van de darmbarrièrefunctie in zowel gezonde personen als IBD-patiënten.