Preprocessing strategies for DDA/DIA LC-MS/MS quantitative molecular profile data
Voorbewerkingsstrategieën voor DDA/DIA LC-MS/MS kwantitatieve moleculaire profielgegevens
Met dit proefschrift onderzoekt Alex Sanchez Brotons algoritmische verbeteringen voor LC-MS/MS-gegevenskwantificering en de toepassingen daarvan in een proteomische context. De belangrijkste bijdrage van dit werk is de PASTAQ-pijplijn, die tot doel heeft LC-MS/MS-gegevens te kwantificeren en voor te bewerken zonder gebruik te maken van willekeurige intensiteitsdrempels, waardoor de detectie van verbindingen met een lagere concentratie in dezelfde gegevens mogelijk wordt in vergelijking met andere state-of-the-art tools.
We hebben onderzocht hoe sommige algoritmen kunnen worden gegeneraliseerd naar andere vergelijkbare technologieën, zoals matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI), en hoe sommige algoritmen kunnen worden gegeneraliseerd en versneld door het gebruik van grafische verwerkingseenheden voor massaal parallel computergebruik. Daarnaast hebben we de pijplijn gebruikt voor een praktische toepassing voor de studie van histonacetylatie met een gecombineerde aanpak van metabolische en chemische labeling (CoMetChem).