Nanopore spectrometry for the detection of proteins and their modifications
| Promotie: | R.C.A. Versloot |
| Wanneer: | 07 maart 2023 |
| Aanvang: | 14:30 |
| Promotor: | G. (Giovanni) Maglia, Prof |
| Copromotor: | dr. C. Wloka |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Beter zicht op kleine eiwitveranderingen in de cel
Onze kennis over het functioneren van de cel is sterk toegenomen sinds het complete menselijk DNA (het genoom) in kaart is gebracht (gesequenced) in het jaar 2000. DNA sequencing is nu een wijdverspreide techniek en de methode heeft ons begrip van het DNA, de blauwdruk van het leven, sterk doen toenemen. DNA alleen kan echter niet de verschillen tussen cellen en weefsels of de snelle aanpassing van cellen door externe stimuli verklaren. Hiervoor moeten we het proteoom, het geheel van alle eiwitten in cellen en weefsels, bestuderen.
Het proteoom is direct verbonden met het functioneren van de cel, en veranderingen in het proteoom zijn relevant voor veelvoorkomende aandoeningen zoals kanker en Alzheimer. Informatie over het proteoom is mogelijk te gebruiken voor Personalised Medicine, waarbij de behandeling is aangepast aan de unieke biochemie van de patiënt. Voor studie van het proteoom is massaspectrometrie een veelgebruikte techniek. Hiermee zijn complexe monsters te analyseren, maar soms kan de techniek kleine nuances in de eiwitsamenstelling niet detecteren.
Met meer nauwkeurige single-molecule technieken zou dit wel mogelijk kunnen zijn. In zijn promotieonderzoek keek Roderick Versloot naar de aanpassing van nanoporiën waarmee het mogelijk is om eiwitten en peptides en hun modificaties te meten op het single-molecule niveau. Hij laat zien dat nanoporiën zijn aan te passen om meer interactie aan te gaan met peptiden (eiwitfragmenten), waardoor ze eiwitten herkennen op basis van een mix van peptiden, inclusief eventuele kleine modificaties daarin.
Roderick Versloot verrichtte zijn promotieonderzoek bij de afdeling Chemical Biology 1 van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) met financiering via de European Research Council. Hij werkt nu als onderzoeker bij Portal Biotech.