Towards the genome clinic of the future - new computational methods to interpret genome variation and diseases
| Promotie: | Mw. S. (Shuang) Li |
| Wanneer: | 15 maart 2023 |
| Aanvang: | 12:45 |
| Promotor: | M.A. (Morris) Swertz |
| Copromotors: | dr. K.J. (Joeri) van der Velde, dr. H.J. (Harm-Jan) Westra |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Op weg naar de genoomkliniek van de toekomst - nieuwe computationele methoden om genoomvariatie en ziekten te interpreteren
Alle mensen zijn ongeveer 99,9% vergelijkbaar in hun DNA-sequenties. De resterende 0,1% bevat verschillende DNA-varianten die bijdragen aan de verschillende fenotypische verschillen, zoals verschil in lengte en BMI. Hoewel 0,1% van het genoom geen indrukwekkend aantal lijkt, betekent dit dat er naar verwachting miljoenen varianten zullen worden gevonden in een doorsnee gezond individu.
Tot op heden hebben mensen meer dan desondanks miljoenen DNA-variaties waargenomen en de meeste daarvan veroorzaken geen ziekten. Het is echter een uitdaging om onderscheid te maken tussen de pathogene varianten en goedaardige varianten en het is vaak moeilijk om de moleculaire gevolgen van genetische varianten te interpreteren. In haar proefschrift presenteert Li verschillende computationele methoden en hulpmiddelen om te helpen bij de interpretatie van varianten.
Ze introduceerde de state-of-art varianteninterpretatiemethoden en besprak de huidige uitdagingen voor variantinterpretatie. Ook presenteerde een tool voor het schatten van pathogeniteit voor interpretatie van zeldzame varianten. Ze zocht naar beschermende genetische en omgevingsfactoren voor gedilateerde cardiomyopathie in dragers van een zeldzame pathogene variant voor gedilateerde cardiomyopathie. Ze laat verder zien dat co-methylatiepatronen complementair zijn aan co-expressiepatronen voor de interpretatie van genfuncties. Ze gebruikte scRNA-seq-gegevens en identificeerde varianten die celtype-specifieke genregulerende patronen beïnvloeden. Tot slot besprak ze de voorgestelde computationele methoden en besprak ze mogelijke toekomstige onderzoeksrichtingen over variantinterpretatie en hun toepassingen in de kliniek.
CV Shuang Li
Shuang Li (1994) studeerde aan het onderzoeksprogramma GUIDE: Groningen Institute for Gastro Intestinal Genetics and Immunology (3GI) aan het Universitair Medisch Centrum Groningen. Daarna zal zij werkzaam zijn als senior Bio-Informaticus bij het Wellcome Sanger Institute, Verenigd Koninkrijk. De titel van haar proefschrift luidt: Towards the genome clinic of the future - new computational methods to interpret genome variation and diseases.