Molecular ecology of baleen whales; past to present
Moleculaire ecologie van baleinwalvissen
Het onderzoek beschreven in dit proefschrift van Vania Elizabeth Rivera Leon vergroot onze kennis over de processen die leiden tot veranderingen in genetische diversiteit, op korte en lange termijn. Dit is gedaan door genetische methoden te gebruiken bij twee soorten baleinwalvissen.
De resultaten van dit proefschrift vergroten onze kennis over de processen die kunnen leiden tot veranderingen in genetische diversiteit, zowel op de lange als de korte termijn. Daarnaast heeft dit proefschrift genetische methoden geëvalueerd en toegepast om baleinwalvissen en andere soorten te bestuderen, en daarmee bij te dragen aan hun bescherming.
Hoofdstuk Eén geeft een algemeen overzicht van de kennis die is verkregen door gebruik van genetische benaderingen, op populatie- en individueel niveau.
Hoofdstuk Twee beschrijft de resultaten weer van onderzoek naar gewone vinvissen (Balaenoptera physalus) in de Golf van Californië. Uit dit onderzoek blijkt dat deze populatie minstens tweeduizend jaar geleden is ontstaan en sindsdien klein is gebleven. Bij deze populatie is heeft slechts een beperkte uitwisseling van genen metsoortgenoten in de Noord-Pacifische Oceaan plaatsgevonden. Dit heeft geleid tot een opmerkelijk lage genetische diversiteit.
In Hoofdstuk Drie wordt een bioinformatic-pipeline ontwikkeld om de detectie van point-heteroplasmy (de aanwezigheid van meer dan één mitochondriaal genoom) in grote Sanger-sequencingdatasets te automatiseren.
Hoofdstuk Vier maakt gebruik van mitochondriale DNA-sequenties van bultruggen (Megaptera novaengliae) in de Golf van Maine om eerdere beweringen te toetsen dat de reproductieve output deels correleert met de individuele maternale afstamming. De heranalyse van een uitgebreide dataset kan deze correlatie echter niet ondersteunen.
Hoofdstuk Vijf beoordeelt de prestaties van een algoritme voor het schatten van stambomen met verschillende niveaus van aanvullende niet-genetische gegevens, zoals leeftijd en verwantschappen afgeleid uit waarnemingsgegevens . Hoewel het schatten van stambomen notoir moeilijk is in natuurlijke populaties, toont Hoofdstuk Vijf aan dat stamboominferenties sterk profiteren van de opname van leeftijdsgegevens.