Skip to ContentSkip to Navigation
Part of University of Groningen
Science LinXScience Linx News

RUG-onderzoeker schrijft beste bioinformatica-proefschrift

03 april 2014

Marnix Medema heeft de Young Investigator Award 2014 van het Netherlands Bioinformatics Center gewonnen. Op 8 april krijgt hij deze prijs voor het beste bioinformatica-proefschrift tijdens een congres in Lunteren. Hij is de derde Groningse wetenschapper die deze prijs de afgelopen vijf jaar heeft ontvangen.

Marnix Medema
Marnix Medema

Medema promoveerde afgelopen jaar aan de Faculty of Science and Engineering (voorheen de faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen) de RUG. ‘Ik heb methoden ontwikkeld om in de erfelijke informatie van bacteriën genen te vinden die verantwoordelijk zijn voor het maken van stofjes die belangrijke toepassingen hebben als bijvoorbeeld antibiotica’, vertelt hij. Van steeds meer organismen is het complete DNA in kaart gebracht. Maar de hoeveelheid informatie die dit oplevert is zo groot dat er slimme computertechnieken nodig zijn om alles te doorzoeken.

‘Dit soort stofjes vind je niet gemakkelijk door simpelweg te kijken wat een bacterie of schimmel allemaal maakt aan verbindingen’, legt Medema uit. Want veel stoffen maakt een bacterie alleen onder speciale omstandigheden, bijvoorbeeld als hij aangevallen wordt door een ander micro-organisme.

Daarom ontwikkelde Medema een computerprogramma dat in het DNA van bacteriën en schimmels kan zoeken naar clusters genen die mogelijk interessant zijn. ‘Er is vaak een hele groep genen nodig om een antibioticum te maken, en die liggen vaak op een karakteristieke manier gegroepeerd op het DNA.’

Het werk van Medema heeft al interessante nieuwe stofjes aan het licht gebracht. ‘Collega’s van mij hebben met de technieken die ik ontwikkelde genen gevonden die zorgen voor de aanmaak van compleet nieuwe stofjes. Ze zijn bezig uit te zoeken wat die precies doen.’

Zelf werkt Medema nu in Bremen, bij de Microbial Genomics & Bioinformatics Research Group van het Max Planck Institute for Marine Microbiology . ‘Mijn werk ligt daar in het verlengde van mijn promotie-onderzoek. Ik wil onder andere beter begrijpen hoe de clusters met interessante genen zijn samengesteld. De hoop is dat we dan uiteindelijk zelf doelgericht van dit soort clusters kunnen ontwerpen, zodat we de bacterie een door ons bedacht antibioticum kunnen laten maken.’ Hij heeft zelf een Rubicon subsidie binnengehaald bij onderzoekfinancier NWO, om twee jaar in Bremen te kunnen werken.

Medema vindt het een eer de Young Investigator Award te ontvangen. Hij is de derde Groningse winnaar in de vijf jaar dat de prijs bestaat. Eerder gingen Lude Franke (de eerste winaar) en Yang Li (de tweede winnaar) hem voor. Waarom Groningen zo succesvol is durft hij niet te zeggen. ‘Maar er zitten hier hele goede mensen in een dynamische omgeving. De prijs is zeker ook een erkenning voor de hele afdeling Bioinformatica.’

Zie ook de aflevering van Unifocus over het onderzoek van Marnix Medema

Laatst gewijzigd:19 september 2017 12:52

Meer nieuws

  • 23 augustus 2019

    Opening Academisch Jaar 2019-2020 in teken van data

    De officiële opening van het 406e Academisch Jaar van de Rijksuniversiteit Groningen is op maandagmiddag 2 september 2019 in de Martinikerk. Rector Magnificus Cisca Wijmenga leidt voor het eerst de feestelijke ceremonie. Deze vindt plaats van 16.00...

  • 13 augustus 2019

    Eat, sleep, recycle

    De 51e editie van de KEI-week staat in het teken van duurzaamheid. De afgelopen jaren zijn steeds meer duurzame initiatieven gestart en bestaande projecten verbeterd. Stichting KEI wil studenten inspireren en haar maatschappelijke verantwoordelijkheid...

  • 12 augustus 2019

    Geen verband tussen koude winters en Arctische klimaatverandering

    Recente studies naar de relatie tussen de afname van zee-ijs op de Noordpool en ijskoude winters op gematigde breedtes, zoals de Polar Vortex koudegolven in Noord-Amerika, lijken te suggereren dat er een verband is tussen koude winters en Arctische...