State space and graphical models for estimating networks dynamics

Sequencing van een genoom is een techniek waarmee de DNA-volgorde van een organisme kan worden bepaald. Automatisering ervan heeft ervoor gezorgd dat in de afgelopen jaren de erfelijke informatie van de mens tot de rondworm C. elegans compleet in kaart kon worden gebracht. Maar is daarmee alles over de genetische werkelijkheid bekend geworden? ''Zeker niet, sequencing stelt ons alleen maar voor aan de spelers van een zeer complex genomisch spel waarvan we de regels nu pas beginnen te begrijpen", zegt statisticus Anani Lotsi in zijn proefschrift.
Een manier om dit spel te begrijpen is het uitvinden van hoe de spelers met elkaar omgaan: genomische netwerkreconstructie. Dat is een aantrekkelijk paradigma van genomische wetenschap, maar inhomogene monsters en complexe tijdsdynamiek betekenen dat de regels van het genomische interactie-spel verschillend kunnen zijn voor verschillende subgroepen of zelfs veranderen in de tijd. Lotsi ontwikkelde nieuwe methoden om met deze twee scenario's om te gaan.
Het onderzoek van Anani Lotsi werd uitgevoerd aan het Johann Bernoulli Institute for Mathematics and Computer Science van de RUG.