Novel fluorescent probes and analysis methods for single-molecule and single-cell microscopy
| Promotie: | Dhr. J.H. (Jochem) Smit |
| Wanneer: | 22 november 2019 |
| Aanvang: | 12:45 |
| Promotors: | prof. dr. T.M. Cordes, prof. dr. A. Herrmann |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Verbetering van technieken voor fluorescentiemicroscopie
Door biologische processen direct te visualiseren op het niveau van individuele cellen tot enkele eiwitten is het mogelijk fundamentele biologische vragen te beantwoorden. Fluorescentie microscopie is de meest gebruikte techniek voor dit doel. Deze techniek is minimaal verstorend en de huidige fluorescerende labels leveren hoge specificiteit en bereiken het ultieme contrast. Het promotieonderzoek van Jochem Smit was er op gericht om enkele van de huidige beperkingen in fluorescentiemicroscopie aan te pakken. In het bijzonder lag de nadruk op de ontwikkeling van nieuwe fluorescerende sondes die zijn te gebruiken om beelden te verkrijgen, en de ontwikkeling van software voor de analyse ervan.
Smit ontwikkelde nieuwe fluorescente derivaten die verbeterde weerstand vertoonden tegen destructie door de hoge lichtintensiteiten die gebruikelijk zijn bij fluorescentiemicroscopie. Hiermee kunnen gebruikers preparaten gedurende langere tijd observeren. De probes zijn getest in optische superresolutietechnieken en bleken superieure prestaties te hebben, waardoor de ruimtelijke resolutie van de techniek verder werd versterkt.
Vervolgens beschrijft Smit de ontwikkeling van een open-source softwarepakket voor de analyse van fluorescentiemicroscopische gegevens van individuele cellen, gericht op het stimuleren van open en reproduceerbare wetenschap. Ten slotte beschreef hij een nieuwe probe, en karakteriseerde hij het vermogen ervan om selectief gramnegatieve bacteriën te bekijken. Ook onderzocht Smit het potentieel van de probe voor het bestrijden van antimicrobiële resistentie door photodynamische therapie.
Jochem Smit verrichtte zijn promotieonderzoek bij de afdeling Single-molecule biophysics van het Zernike Institute for Advanced Materials met financiering via NWO en de ERC. Hij werkt nu als postdoc aan de KU Leuven.