Computational methods for high-throughput small RNA analysis in plants
| Promotie: | Dhr. L. Monteiro Morgado |
| Wanneer: | 26 maart 2018 |
| Aanvang: | 09:00 |
| Promotor: | prof. dr. R.C. (Ritsert) Jansen |
| Copromotor: | dr. F. Johannes |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Nieuwe methoden om functionele kleine RNA moleculen te ontdekken
In de cellen van planten zijn miljoenen nog niet gekarakteriseerde kleine RNA moleculen (sRNA’s) te vinden. Om via experimenten uit te zoeken wat hun eventuele functie is lijkt dan ook onbegonnen werk. Maar tegenwoordig is het relatief gemakkelijk en goedkoop om via ‘deep sequencing’ van het complete DNA van een plant alle sRNA sequenties identificeren.
Er zijn verschillende methodes ontwikkeld om in de computer vooronderzoek uit te voeren om te zien welke sRNA’s interessant genoeg zijn om in het laboratorium verder te onderzoeken. Maar de sRNA biologie blijft complex en vraagt het om een enorme hoeveelheid onafhankelijke, elkaar aanvullende computationele methoden die op dit moment nog niet beschikbaar zijn. Zo zijn veel bestaande computerprogramma’s onnauwkeurig en moeten vele andere computerprogramma’s nog ontwikkeld worden.
De inschatting is dat sRNA moleculen die epigenetische mechanismen sturen, zoals het aanbrengen van DNA methylatie, het meest overvloedig zijn in planten. Ondanks het belang van deze categorie, bestaat er een tekort aan computerprogramma’s die beschikbaar zijn voor de identificatie van juist deze klasse sRNA’s. Dat was het startpunt voor het promotieonderzoek van Lionel Monteiro Morgado.
In zijn proefschrift introduceert hij zowel nieuwe computationele methoden voor sRNA categorisering, als een integratief raamwerk voor algemene sRNA analyse. Hiermee kan hij sRNA moleculen, die zijn ontdekt via deep sequencing, identificeren en categoriseren. De nieuwe applicaties, die zijn ontwikkeld voor high-throughput sRNA analyse, heeft Monteiro Morgado toegepast op bestaande problemen in de biologie en geven nieuwe inzichten over sRNA-gemedieerde epigenetica.
Lionel Monteiro Morgado verrichtte zijn promotieonderzoek bij de afdeling Bio-informatica van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) met financiering door de RUG. Hij werkt nu als Bio-informatica onderzoeker bij het Prinses Máxima Centrum voor kinderoncologie.