On the mechanism of promiscuous ligand-binding by multidrug resistance regulator LmrR and structural investigations of lytic transglycosylase MltF
Promotie: dhr. P.K. Madoori, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: On the mechanism of promiscuous ligand-binding by multidrug resistance regulator LmrR and structural investigations of lytic transglycosylase MltF
Promotor(s): prof.dr. B.W. Dijkstra
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Bacteriële verdediging tegen antibiotica bestudeerd
Het eiwit LmrR (Lactococcal multidrug resistance Regulator) wordt gemaakt door Lactococcus lactis en is voor deze bacterie noodzakelijk om te kunnen overleven in de aanwezigheid van bepaalde cytotoxische verbindingen, zoals ethidium en daunomycine. LmrR is een DNA transcriptie-regulator, die, via herkenning en binding van de structureel zeer verschillende giftige stoffen, zorgt voor een verhoogde productie van het transporteiwit LmrCD, Dit transporteiwit zit in het celmembraan en zorgt voor actieve uitscheiding van de giftige stoffen, alvorens deze in de cel hun bestemming kunnen bereiken.
In dit proefschrift worden kristalstructuren van LmrR gepresenteerd, in ongebonden toestand, alsmede in binding met verschillende antibiotica. Analyse van deze structuren heeft geleid tot de onthulling van de belangrijkste structurele elementen die nodig zijn voor de herkenning en binding van de structureel verschillende antibiotica (het multidrug-bindingsmechanisme). LmrR heeft een karakteristieke “β-wing helix-turn-helix” opvouwing,, met daarnaast nog een extra helix aan de C-terminus die betrokken is bij de dimerisatie van het eiwit. De dimere vorm van het eiwit is erg ongebruikelijk, vanwege een grote hydrofobe porie die dwars door het midden van het dimeer loopt en die de bindingsplaats bevat voor de verschillende antibiotica. De vlakke lipofilische antibiotica binden op een vergelijkbare manier met hun aromatische groepen gesandwicht tussen de indool groepen van twee dimeer-gerelateerde tryptofanen. Het gebruik van één gemeenschappelijke bindingsplaats voor multidrug-binding, in plaats van één grote bindingsplaats bestaande uit deels overlappende specifieke subbindingsplaatsen, alsmede de belangrijke rol voor de tryptofanen bij herkenning en binding van de antibiotica, onderscheiden LmrR duidelijk van andere bekende multidrug-bindinde transcriptiefactoren.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:00 |
Meer nieuws
-
05 september 2024
ERC Starting Grants voor twee RUG-onderzoekers
Twee onderzoekers van de Rijksuniversiteit Groningen (RUG), beide van de Faculty of Science and Engineering, ontvangen een European Research Council (ERC) Starting Grant: Jingxiu Xie en Gosia Wlodarczyk-Biegun. De Starting Grants bestaan uit elk...
-
23 juli 2024
De chips van de toekomst
Onze computers gebruiken onnodig veel energie, en bovendien lopen we tegen de limieten van onze huidige technologie aan. Dus werkt CogniGron aan nieuwe materialen die het menselijk brein kunnen nabootsen, en ontwikkelt CogniGron-hoogleraar Tamalika...
-
18 juli 2024
Slimme robots om kleinere chips te maken
Een robotarm in een fabriek die herhaaldelijk dezelfde beweging maakt: dat is iets van het verleden, vindt Ming Cao. Wetenschappers van de Rijksuniversiteit Groningen werken samen met hightech bedrijven om productieprocessen steeds meer autonoom te...