Promotie dhr. S. Piersma: Applications of quantitative fluorescence microscopy for systems level gene expression analyses in Bacillus subtilis

Promotie: dhr. S. Piersma

Proefschrift: Applications of quantitative fluorescence microscopy for systems level gene expression analyses in Bacillus subtilis

Promotor(s): prof.dr. J.M. van Dijl

Faculteit: Medische Wetenschappen

Nieuwe methode voor kwantitatieve fluorescentiemicroscopie

Om beter te begrijpen hoe de grondbacterie Bacillus subtilis (die model kan staan voor de ziekenhuisbacterie S. aureus) overleeft, ontwikkelde UMCG-onderzoeker Sjouke Piersma nieuwe methoden voor kwantitatieve fluorescentiemicroscopie. Hij deed dat samen met zijn collega’s van de afdeling Medische Microbiologie.

Bacillus subtilis is een bacterie die het liefst groeit op wortels van planten. Het is een populair modelorganisme voor onderzoek naar bacteriële genexpressie. Om na te gaan hoe de bacterie reageert op verschillende condities, maakten Piersma en zijn collega’s een verzameling van bacteriële stammen die meer dan 1.000 verschillende genfusies met een fluorescent eiwit (GFP) bevatten. Zo’n fusie licht op wanneer het bijbehorende proces in de cel actief is. Zo kon bekeken worden hoe genexpressie in de cel verandert onder verschillende condities.

Het genexpressie-onderzoek van Piersma richtte zich zowel op individuele cellen binnen een populatie als op de gehele populatie. Voor de bestudering van genexpressie in individuele cellen werd gebruik gemaakt van een speciaal hiervoor ontwikkelde, nieuwe fluorescentiemicroscopie-methode. Deze methode is gebruikt voor een groot onderzoek waarin wiskundigen en biologen hebben samengewerkt. Zij hebben in kaart gebracht hoe Bacillus subtilis reageert op verandering in zijn voeding. Het onderzoek heeft meer inzicht gegeven in hoe de bacterie zich aan nieuwe omstandigheden aanpast, en leverde daarnaast een nieuwe methode op voor dataverwerking en datavisualisatie in de kwantitatieve fluorescentiemicroscopie.

Sjouke Piersma (Zwolle, 1978) studeerde Farmacie aan de Rijksuniversiteit Groningen. Hij verrichtte zijn promotieonderzoek bij de afdeling Medische Microbiologie, onderzoeksgroep Moleculaire Bacteriologie, van het Universitair Medisch Centrum Groningen. Het onderzoek viel binnen het raamwerk van onderzoeksproject BaSysBio (Bacillus Systems Biology), leidde in 2012 tot een publicatie in Science, en werd gefinancierd door de EU. Piersma werkt als marketing- en communicatiespecialist bij Westburg (Leusden).