Promotie dhr. D.H. de Jong: A molecular view on the organizational complexity of proteins in membranes
| Wanneer: | vr 24-05-2013 om 14:30 |
Promotie: dhr. D.H. de Jong, 14.30 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: A molecular view on the organizational complexity of proteins in membranes
Promotor(s): prof.dr. S.J. Marrink
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Martini-model laat zien hoe eiwitten in een membraan bewegen
Alle levende wezens bestaan uit cellen en elke cel is omgeven door een membraan dat verschillende belangrijke functies heeft. Het celmembraan bestaat voornamelijk uit lipiden, cholesterol en eiwitten. In zijn onderzoek gebruikte Djurre de Jong computersimulaties om de wisselwerking tussen lipiden en eiwitten in het membraan te bestuderen.
Het kleine formaat van celmembranen en de zeer korte tijdschaal waarin processen plaatsvinden, maakt het lastig om experimentele technieken toe te passen. Met behulp van computermodellen, zoals het in Groningen ontwikkelde Martini-model, kunnen deze processen echter op een bijna atomistische resolutie geobserveerd worden.
Het onderzoek richtte zich op twee aspecten. Ten eerste is het Martini-krachtenveld verder getest en ontwikkeld, wat de mogelijkheid geeft tot nog betrouwbaardere simulaties. Het tweede aspect is het simuleren van kleine membraaneiwitten in een (lipide)membraan met behulp van het Martini-krachtenveld. Deze simulaties hebben meer inzicht verschaft in hoe de eiwitten zich bewegen tussen verschillende domeinen binnen het membraan en de belangrijke rol die een specifiek lipide hierin speelt: het GM1 ganglioside lipide.
Djurre de Jong (Joure, 1985) studeerde Moleculaire Biologie en Biotechnologie in Groningen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij de onderzoeksgroep Moleculaire Dynamica.