Trans reentrant loop structures in secondary transporters
Promotie: dhr. A.J. Dobrowolski, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Trans reentrant loop structures in secondary transporters
Promotor(s): prof.dr. A.J.M. Driessen
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten onderzocht
Biologische membranen hebben een belangrijke rol in het beschermen van de cel tegen schadelijke condities van de omgeving en moeten tegelijkertijd de opname van verschillende stoffen, zoals voedingstoffen, alsook de uitscheiding van afvalproducten mogelijk maken. Transportfuncties worden uitgevoerd door transporteiwitten, die de verplaatsing van een substraat van de ene naar de andere kant van het membraan katalyseren.
Promovendus Adam Dobrowolski richt zich op de structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten, en in het bijzonder tussen de glutamaat-transporter GltS van Escherichia coli en de citraat-transporter CitS van Klebsiella pneumoniae. Deze twee transporteiwitten, en andere leden van de families waartoe zij behoren, vertonen geen overeenkomst in aminozuurvolgorde, maar wel in hun hydropathie-profielen. Dit suggereert dat ze een overeenkomstige eiwitvouwing en mechanisme van transport hebben. Met de bioinformatische data verkregen uit het MemGen classificatie systeem en een eerder uitgevoerde topologie studie van CitS, was Dobrowolski in staat om de membraantopologie van GltS te voorspellen en deze experimenteel te verifiëren. Hiermee toont hij aan dat, bij afwezigheid van een kristalstructuur, analyse van hydropathie-profielen van membraaneiwitten een goede methode is om de structuur van membraaneiwitten te bestuderen.
De verkregen data suggereren dat beide eiwitten opgebouwd zijn uit twee homologe domeinen die beide een zogenaamde ‘trans reentrant loop’ hebben, en aan elkaar verbonden zijn met een lange cytoplasmatische loop. De reentrant loops zijn belangrijk voor de activiteit van de transporters: ze staan in interactie met elkaar daar waar de twee domeinen aan elkaar grenzen en vormen een translocatiekanaal voor de substraten en co-ionen.
Adam Dobrowolski (Polen, 1980) studeerde biologie in Wroclaw, Polen en deed zijn promotieonderzoek bij de afdeling Moleculaire Microbiologie, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) van de RUG. Het werd gefinancierd door NWO-ALW. Inmiddels is hij onderzoeker bij de Wrocław University of Environmental and Life Sciences in Polen.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 00:58 |
Meer nieuws
-
01 oktober 2025
In de Wetenschap-podcast: Ajay Kottapalli over zeehondensnorharen en ultragevoelige sensoren
'In de Wetenschap' is de podcast van de Rijksuniversiteit Groningen. In deze aflevering hebben we Ajay Kottapalli te gast, universitair hoofddocent aan het Engineering and Technology Institute Groningen en medeoprichter van de start-up Sencilia.
-
30 september 2025
Luitenant-generaal Elanor Boekholt-O’Sullivan ontvangt Aletta Jacobsprijs 2026
De Aletta Jacobsprijs 2026 van de Rijksuniversiteit Groningen (RUG) is toegekend aan Elanor Boekholt-O’Sullivan, de eerste vrouwelijke luitenant-generaal bij de Nederlandse krijgsmacht. De Aletta Jacobsprijs wordt op vrijdag 6 maart 2026 uitgereikt...
-
25 september 2025
RUG onderzoeker brengt invloed geluid Waddenzee in kaart
Met een subsidie van het Waddenfonds en het ministerie van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur gaat RUG professor Britas Klemens Eriksson onderzoek doen naar de invloed van geluid op het onderwaterleven in de Waddenzee.