Noncoding RNA regulation in Lactococcus lactis
Regulatie van niet-coderend RNA in Lactococcus lactis
Micro-organismen zijn betrokken bij de productie van veel voedingsmiddelen die we dagelijks consumeren, waaronder kaas, yoghurt en andere zuivelproducten. Een van de belangrijkste industriële micro-organismen is Lactococcus lactis, een bacterie die al eeuwenlang wordt gebruikt voor zuivelfermentatie en die ook steeds meer wordt erkend als een waardevol organisme in de biotechnologie.
Lange tijd werd aangenomen dat de meeste genetische regulatie voornamelijk afhankelijk was van eiwitten. Inmiddels is duidelijk geworden dat RNA-moleculen ook als regulatoren kunnen functioneren en cellen helpen om snel te reageren op veranderingen in hun omgeving. Ondanks hun belang zijn deze op RNA gebaseerde regulatiemechanismen nog grotendeels onbekend in L. lactis.
In dit proefschrift onderzocht Eduardo Hernández-Ortega we hoe niet-coderende RNA-moleculen het gedrag van deze bacterie beïnvloeden.
Hernández-Ortega: 'We identificeerden een RNA-element dat kan worden gebruikt als een moleculaire schakelaar om genexpressie te reguleren, en daarmee een nieuw hulpmiddel vormt voor genetische modificatie. Daarnaast beschreven we het landschap van RNA-bindende eiwitten van L. lactis en identificeerden we het eerste sRNA-bindende eiwit in dit organisme, waarmee een belangrijk onderdeel van het RNA-gereguleerde netwerk werd onthuld.
Ten slotte onderzochten we het sRNA CisR, waarvan de expressie toeneemt in de kou. Onze resultaten laten zien dat CisR mogelijk bijdraagt aan de aanpassing van de fructosestofwisseling van de bacterie aan temperatuurveranderingen. CisR onderdrukt de repressor van het fructose-opnamesysteem, wat mogelijk de opname van fructose bevordert en daarmee een beschermende werking geeft bij lage temperaturen. Deze bevinding biedt nieuwe inzichten in hoe L. lactis zich aanpast aan omgevingsstress door middel van RNA-gemedieerde regulatie.'