Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Colloquium Mathematics, Dr. Veronica Vinciotti

18 februari 2014

Join us for coffee and tea at 15.30 p.m.

Date:                        Tuesday, February 18th 2014

Speaker:                   Dr. Veronica Vinciotti (Brunel University, UK)

Room:                       5161.0293 (Bernoulliborg)

Time:                         16.00

Title: Network modelling of ChIP-seq and RNA-seq data


Abstract:

An important biological question is the one of detecting the regions in the genome bound by chromatin modifiers or transcription factors, as these give insight into the mechanism of gene regulation. ChIP sequencing (ChIP-seq) is a biological method to detect these, by generating sequence reads at the positions bound by a transcription factor. When data is collected on more than one protein, the interest is also in the discovery of regions that are uniquely bound by a protein. In this talk, we present a Markov random field model for the modelling of ChIP-seq data from multiple experiments, including technical and biological experiments as well as experiments on different proteins. The statistical model accounts for the fact that the different antibodies used for experiments on different proteins are associated with different levels of efficiency. The output of the model can be used as prior information when inferring large scale networks from RNA-sequencing data.

Colloquium coordinators are Prof.dr. A.C.D. van Enter (e-mail : A.C.D.van.Enter@rug.nl) and
Dr. A.V. Kiselev (e-mail: a.v.kiselev@rug.nl )

http://www.rug.nl/research/jbi/news/colloquia/mathematics-colloquia/

Laatst gewijzigd:06 juni 2018 14:04

Meer nieuws

  • 11 september 2018

    Van Klokhuis-vraag naar Veni-subsidie

    Als kind was Jorrig Vogels al gefascineerd door taal en vergeleek hij de verschillende woorden voor ingrediënten op verpakkingen. Een jaar terug sleepte de taalonderzoeker een Veni-beurs in de wacht. ‘Taal heeft iets telepathisch: het beeld dat ík in...

  • 07 september 2018

    Constructief overleg – gezamenlijke overeenkomst

    Na een intensief en constructief gesprek met de actievoerende studenten van studentenpartij DAG en ROOD (jongeren SP) is donderdagavond een gezamenlijke overeenkomst bereikt op vier punten, vooral gericht op de lange termijn.

  • 04 september 2018

    Weg met die systeemplafonds

    Als Zuidlarens jongetje vond hij al die oude gebouwen in de stad Groningen maar niks. De interesse in historische panden kwam pas later, tijdens zijn studie Bouwkunde. Als bouwkundige is René Bosscher nu verantwoordelijk voor de buitenkant van de gebouwen...