Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Colloquium Mathematics, Dr. Veronica Vinciotti

18 februari 2014

Join us for coffee and tea at 15.30 p.m.

Date:                        Tuesday, February 18th 2014

Speaker:                   Dr. Veronica Vinciotti (Brunel University, UK)

Room:                       5161.0293 (Bernoulliborg)

Time:                         16.00

Title: Network modelling of ChIP-seq and RNA-seq data


Abstract:

An important biological question is the one of detecting the regions in the genome bound by chromatin modifiers or transcription factors, as these give insight into the mechanism of gene regulation. ChIP sequencing (ChIP-seq) is a biological method to detect these, by generating sequence reads at the positions bound by a transcription factor. When data is collected on more than one protein, the interest is also in the discovery of regions that are uniquely bound by a protein. In this talk, we present a Markov random field model for the modelling of ChIP-seq data from multiple experiments, including technical and biological experiments as well as experiments on different proteins. The statistical model accounts for the fact that the different antibodies used for experiments on different proteins are associated with different levels of efficiency. The output of the model can be used as prior information when inferring large scale networks from RNA-sequencing data.

Colloquium coordinators are Prof.dr. A.C.D. van Enter (e-mail : A.C.D.van.Enter@rug.nl) and
Dr. A.V. Kiselev (e-mail: a.v.kiselev@rug.nl )

http://www.rug.nl/research/jbi/news/colloquia/mathematics-colloquia/

Laatst gewijzigd:06 juni 2018 14:04

Meer nieuws

  • 08 juni 2018

    Waardedaling woningen in aardbevingsgebied tot 2015 gemiddeld 9,3%

    Woningen in het Groningse aardbevingsgebied zijn tot 2015 gemiddeld 9,3% in waarde gedaald. Dat concluderen promovendus Nicolás Durán en hoogleraar Ruimtelijke Econometrie Paul Elhorst van de Rijksuniversiteit Groningen. Zij analyseerden data van de...

  • 06 juni 2018

    RUG op plek 120 in QS ranking

    De Rijksuniversiteit Groningen (RUG) staat dit jaar op plaats 120 in de QS World Top University Rankings 2019. Afgelopen twee jaar stond de RUG opplaats 113 in deze lijst van bijna 1.000 universiteiten wereldwijd. Op nationale schaal is Groningen dit...

  • 01 juni 2018

    Negen onderzoekers aan de RUG ontvangen een Vidi-beurs

    NWO heeft aan 86 ervaren onderzoekers ieder een Vidi-financiering van 800.000 euro toegekend. Maar liefst negen hiervan doen hun onderzoek aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG); aan vier verschillende faculteiten. Met de beurs kunnen de vier vrouwelijke...