Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Structure and mechanism of action of two bacterial enzymes: MltE from Escherichia coli and AspB from Bacillus sp YM55-1

09 juli 2012

Promotie: dhr. G. Fibriansah, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Structure and mechanism of action of two bacterial enzymes: MltE from Escherichia coli and AspB from Bacillus sp YM55-1

Promotor(s): prof.dr. B.W. Dijkstra

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Werkingsmechanisme van twee lytische enzymen in bacteriële membranen

Het proefschrift van Guntur Fibransah beschrijft de kristalstructuren en reactiemechanismen van twee verschillende bacteriële enzymen, de lytische transglycosylase MltE uit Escherichia coli en de aspartase AspB uit Bacillus sp. YM55-1. MltE verbreekt de b-1,4-glycosidische binding tussen N-acetylmuraminezuur and N-acetylglucosamine residuën in het bacteriële celwand materiaal peptidoglycan. MltE wordt gedacht een rol te spelen in het bacteriële celwand metabolisme, waardoor het een potentieel doelwit is voor antibacteriële middelen. MltE is één van de weinige endolytische transglycosylasen van E. coli. Kristalstructuren van MltE zonder substraat, met gebonden chitopentaose, en van een ternair complex met de inhibitor bulgecin en een murodipeptide maakten het mogelijk om in detail de interacties van het enzym met peptidoglycan fragmenten te bestuderen. In combinatie met plaatsgerichte mutagenese experimenten verklaren de structuren waarom MltE endolytische activiteit heeft en hoe het de reactie katalyseert. Het tweede enzym, de aspartase AspB uit Bacillus sp. YM55-1, katalyseert de omzetting van L-aspartaat in fumaraat en ammonia. Aspartases worden gebruikt als biokatalysatoren voor de industriële productie van enantiozuiver L-aspartaat, een belangrijke bouwstof voor de synthese van voedseladditieven en zoetstoffen. Echter, het precieze katalytische mechanism van het enzym is lange tijd onduidelijk gebleven wegens gebrek aan informatie over hoe substraat en product aan het enzym binden. Door kristalstructuren van AspB op te helderen in aan- en afwezigheid van het substraat L-aspartaat kon Fibransah nu de aminozuren definiëren die verantwoordelijk zijn voor de katalyse. In combinatie met plaatsgerichte mutagenese en enzymkinetiek-experimenten kan het werkingsmechanisme van het enzym nu volledig verklaard worden.

Guntur Fibransah (Indonesië, 1981) verrichtte zijn promotieonderzoek, met een beurs van het Ubbo Emmius Fonds van de RUG, bij het Laboratorium voor Eiwitkristallografie van de afdeling Biofysische Chemie en het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB). Hij gaat verder onderzoek doen bij de Duke-NUS Graduate School in Singapore.

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:42
printView this page in: English

Meer nieuws

  • 16 januari 2019

    Twee jonge onderzoekers naar topinstituten met Rubiconbeurs

    Dr. Michael Lerch en Sanne van Dijk, twee veelbelovende RUG-wetenschappers, gaan dankzij het programma Rubicon van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) twee jaar onderzoek doen aan buitenlandse topinstituten.

  • 14 januari 2019

    RUG-student Boomstra opnieuw wereldkampioen dammen

    Roel Boomstra heeft voor de tweede keer de wereldtitel dammen gewonnen. Hij nam het op tegen viervoudig wereldkampioen Alexander Schwarzman. In 2016 veroverde Roel Boomstra de wereldtitel ook al. Boomstra is masterstudent Physics aan de Rijksuniversiteit...

  • 09 januari 2019

    Smoking gun

    Amina Helmi vond het bewijs voor de theorie dat delen van de Melkweg niet alleen zijn gegroeid door de geboorte van eigen sterren, maar ook door samensmeltingen met andere sterrenstelsels. Voor deze ontdekking was het wachten op de data van ruimtemissie...