Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Trans reentrant loop structures in secondary transporters

02 april 2012

Promotie: dhr. A.J. Dobrowolski, 12.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Trans reentrant loop structures in secondary transporters

Promotor(s): prof.dr. A.J.M. Driessen

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten onderzocht

Biologische membranen hebben een belangrijke rol in het beschermen van de cel tegen schadelijke condities van de omgeving en moeten tegelijkertijd de opname van verschillende stoffen, zoals voedingstoffen, alsook de uitscheiding van afvalproducten mogelijk maken. Transportfuncties worden uitgevoerd door transporteiwitten, die de verplaatsing van een substraat van de ene naar de andere kant van het membraan katalyseren.

Promovendus Adam Dobrowolski richt zich op de structurele overeenkomst tussen families van transporteiwitten, en in het bijzonder tussen de glutamaat-transporter GltS van Escherichia coli en de citraat-transporter CitS van Klebsiella pneumoniae. Deze twee transporteiwitten, en andere leden van de families waartoe zij behoren, vertonen geen overeenkomst in aminozuurvolgorde, maar wel in hun hydropathie-profielen. Dit suggereert dat ze een overeenkomstige eiwitvouwing en mechanisme van transport hebben. Met de bioinformatische data verkregen uit het MemGen classificatie systeem en een eerder uitgevoerde topologie studie van CitS, was Dobrowolski in staat om de membraantopologie van GltS te voorspellen en deze experimenteel te verifiëren. Hiermee toont hij aan dat, bij afwezigheid van een kristalstructuur, analyse van hydropathie-profielen van membraaneiwitten een goede methode is om de structuur van membraaneiwitten te bestuderen.

De verkregen data suggereren dat beide eiwitten opgebouwd zijn uit twee homologe domeinen die beide een zogenaamde ‘trans reentrant loop’ hebben, en aan elkaar verbonden zijn met een lange cytoplasmatische loop. De reentrant loops zijn belangrijk voor de activiteit van de transporters: ze staan in interactie met elkaar daar waar de twee domeinen aan elkaar grenzen en vormen een translocatiekanaal voor de substraten en co-ionen.

Adam Dobrowolski (Polen, 1980) studeerde biologie in Wroclaw, Polen en deed zijn promotieonderzoek bij de afdeling Moleculaire Microbiologie, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) van de RUG. Het werd gefinancierd door NWO-ALW. Inmiddels is hij onderzoeker bij de Wrocław University of Environmental and Life Sciences in Polen.

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:42
printView this page in: English

Meer nieuws

  • 20 februari 2019

    De ongebruikelijke erfelijkheid van telomeerlengte

    Bij de overerving van telomeerlengte spelen epigenetische effecten een belangrijke rol. Zeker een derde van de overerving is epigenetisch van aard. Dat concluderen Groninger onderzoekers, die voor het eerst een schatting van dit fenomeen konden maken...

  • 19 februari 2019

    Nanoporiën maken massaspectrometer voor eiwitten mogelijk

    RUG-onderzoekers hebben nanoporiën ontwikkeld waarmee ze direct de massa van kleine eiwitjes (peptiden) kunnen meten. Een artikel over deze ontdekking is op 19 februari jl. gepubliceerd in het tijdschrift Nature Communications.

  • 15 februari 2019

    Groningse ingenieurs studeren straks af in Drachten

    De Rijksuniversiteit Groningen (RUG) start in het collegejaar 2019-2020 met een masteropleiding Mechanical Engineering; oftewel werktuigbouwkunde. Prof. dr. ir. Jacquelien Scherpen, voorzitter van het Groningen Engineering Center (GEC) noemde het eerder...