Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Metabolic modeling of Streptomyces and its relatives: a constraints-based approach

24 juni 2011

Promotie: dhr. M.T. Alam, 16.15 uur, Doopsgezinde Kerk, Oude Boteringestraat 33, Groningen

Proefschrift: Metabolic modeling of Streptomyces and its relatives: a constraints-based approach

Promotor(s): prof.dr. R. Breitling, prof.dr. R.C. Jansen

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

 

Modelleren van antibioticaproducerende bacteriën met de computer

Teneinde nieuwe bacteriën te kunnen creëren die voor de mens nuttig zijn, worden steeds vaker computers ingezet. Zo kan met met modelleringstechnieken bijvoorbeeld hun metabole functies analyseren. Tauqeer Alam heeft het metabole system van twee antibioticaproducerende modelorganismen, Streptomyces coelicolor en Streptomyces clavuligerus, verkend en met computermodellen de mechanismen achter de antibioticaproductie onderzocht.

Bacteriën van het geslacht Streptomyces worden vaak ‘antibiotica-fabriekjes’ genoemd, vanwege het feit dat ze een groot aantal klinisch belangrijke chemische stoffen kunnen produceren. Ze behoren tot de orde van de Actinomycetales, een groep organismen die sterke biologische diversiteit vertoont in genoomgrootte, pathogeniciteit, ecologische niches en hun vermogens om secondairemetabolieten te produceren.

Om te begrijpen hoe deze antibioticaproducerende soorten zich fylogenetisch gezien (wat betreft hun evolutionaire afstamming) verhouden tot andere soorten onder de actinomyceten, heeft Alam hun fylogenie tot in detail ontrafeld en een algemeen bruikbare robuuste methode ontwikkeld om eenduidige en consistente fylogenetische bomen te construeren uit genoomsequenties.

De resultaten van de fylogenetische studie vormden de basis voor het grootschalig metabolisch modelleren van verschillende soorten, met behulp waarvan Alam zowel metabolische als topologische overeenkomsten en verschillen identificeerde tussen de actinomyceten. Vervolgens heeft hij, door fylogenetische informatie met gen-expressiedata te combineren, de ‘orphan’-genen van Streptomyces coelicolor geïdentificeerd die het meest veelbelovend zijn voor toekomstig experimenteel onderzoek.

Alams proefschrift eindigt ten slotte met een verhandeling over het toekomstige gebruik van zijn resultaten en modellen en geeft een toekomstvisie voor onderzoek in de systeembiologie van antibiotica-producerende microben.

Tauqeer Alam (India, 1981) studeerde bioinformatica aan de Jamia Millia Islamia in Delhi. Zijn promotieonderzoek voerde hij uit aan de Rijksuniversiteit Groningen, bij het Groningen Bioinformatics Centre van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) en aan het Institute of Molecular, Cell and Systems Biology, College of Medical, Veterinary and Life Sciences, van de University of Glasgow. Het onderzoek werd gefinancierd door het GBB van de RUG. Momenteel werkt hij als bij het Center for Systems Biology and Bioenergetics (CSBB) in Nijmegen.

 

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:40

Meer nieuws

  • 20 november 2018

    Prof. dr. Dirk Slotboom wint FSE Teaching Award 2017

    Op de Education Day van de Faculty of Science and Engineering is de winnaar van de Faculty Teaching Award 2017 onthuld: prof. dr. Dirk Slotboom is verkozen tot FSE-docent van het jaar 2017.

  • 15 november 2018

    Keuzegids 2019: RUG-opleidingen constant in de Nederlandse top

    Tien bacheloropleidingen aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG) krijgen dit jaar van de Keuzegids Universiteiten het kwaliteitszegel Topopleiding, waarmee ze tot de top van het Nederlandse wetenschappelijke onderwijs behoren. In de categorie ‘Brede...

  • 14 november 2018

    De lift tussen leven en dood

    De celmembraan is de grens van het leven. Dit dunne vettige omhulsel houdt de inhoud van de cel bij elkaar. De transporteiwitten in die membraan zijn van levensbelang. Ze zorgen voor contact en uitwisseling met de buitenwereld. RUG-hoogleraar biochemie...