Quantitative proteomics of Saccharomyces cerevisiae vacuoles and stress responses in Lactococcus lactis

Promotie: mw. E. Wiederhold, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Quantitative proteomics of Saccharomyces cerevisiae vacuoles and stress responses in Lactococcus lactis

Promotor(s): prof.dr. D.J. Slotboom, prof.dr. B. Poolman

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Meten hoe de hoeveelheid eiwit verandert in de tijd

Organismen zijn opgebouwd uit diverse soorten moleculaire bouwstenen. Het complete arsenaal van ieder type molecuul wordt aangeduid met het achtervoegsel ‘-ome’. Voorbeelden zijn genome (DNA), transcriptome (RNA), lipidome (lipiden), metabolome (metabolieten) en proteome (eiwitten). De eerste stap in een analyse van het proteome van een organisme is vast te stellen welke eiwitten er op een bepaald tijdstip aanwezig zijn. Een dergelijke analyse geeft een statische momentopname, die niet volstaat om de dynamiek van organismen te begrijpen. Daartoe is het nodig om ook te meten hoe de hoeveelheid van ieder eiwit verandert in de tijd, bijvoorbeeld als gevolg van externe signalen, of veroudering. In dit proefschift worden enkele studies beschreven waarin bepaald is hoeveel eiwit aanwezig is op een bepaald tijdstip en hoe de hoeveelheden veranderen in de tijd. Op deze manier is vastgesteld welke eiwitten zich in de vacuole van gist bevinden, en hoe de bacterie Lactococcus lactis reageert als het organisme gebruikt wordt om menselijk CFTR (het eiwit dat taaislijmziekte veroorzaakt als het niet goed functioneert) te produceren.

Elena Wiederhold (Kyrgyzstan, 1976) studeerde biologie in Tübingen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij de afdeling biochemie van de RUG. Wiederhold gaat verder in het onderzoek als postdoc aan de University of Zurich.