Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular dynamics study

26 maart 2010

Promotie: Y. Xue, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular dynamics study

Promotor(s): prof.dr. A. Mark

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Contact: Ying Xue, tel. 00 61 4 239 05086, e-mail: y.xue@rug.nl

Moleculaire dynamica van eiwit-vouwing

Het onderzoek van Ying Xue richt zich op het begrijpen van omgevingsinvloeden op de vouwing van peptiden en eiwitten. Door middel van moleculaire dynamica (MD)-simulaties in 'expliciet water' (een bepaald MD-model van het watermolecuul) is in detail geanalyseerd welke omstandigheden eiwitvouwing bevorderen danwel hinderen.

In eerste instantie is onderzocht in hoeverre het krachtenveld in staat is de vouwingsdynamica van een aantal korte peptiden in water te reproduceren. Uit deze simulaties bleek dat de conformationele eigenschappen goed gereproduceerd worden maar dat de vouwingstijden in de simulaties aanzienlijk korter zijn dan de waarden die uit experimentele waarnemingen geschat worden. Als onderdeel van dit deel van het onderzoek werd een nieuwe set torsiepotentialen ontwikkeld die een betere overeenkomst tussen simulatie en gegevens uit röntgenverstrooiingsexperimenten opleveren.

In het tweede deel van het onderzoek werd gepoogd het effect van de chaperonne GroEL op de vouwing van peptiden en eiwitten na te bootsen door de polariteit van oplosmiddel en verdere omgeving te veranderen. In de cel faciliteren chaperonnes zoals GroEL de vouwing van eiwitten en peptides op een energieafhankelijke manier. De simulaties lieten zien dat het mogelijk was de vouwingssnelheid van korte peptiden alsmede een klein eiwit vanuit thermisch ontvouwen toestanden te vergroten. Tenslotte is de invloed van grenslagen op het vouwen van peptiden onderzocht door te kijken naar het effect van polyethyleenglycol (PEG) spacers op de conformationele eigenschappen van korte peptiden en op de grenslaagstructuur van zelfassemblerende schakelbare peptidesurfactanten.

Ying Xue (China, 1977) studeerde Fluid Mechanics aan de Beijng University of Technology. Het onderzoek werd uitgevoerd de afdeling Biophysical Chemistry van de RUG in samenwerking met de University of Queensland (Australië) en gefinancierd door NWO.

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:39
printOok beschikbaar in het: English

Meer nieuws

  • 21 februari 2018

    Provincie en RUG maken werk van duurzame landbouw

    De Provincie Groningen en de Rijksuniversiteit Groningen (RUG) slaan de handen ineen om de landbouwsector verder te verduurzamen. Hiertoe wordt een Bijzondere Leerstoel Natuurinclusieve Landbouw opgericht aan de RUG. De Provincie​draagt via haar Programma...

  • 19 februari 2018

    Prinses Beatrix en Prinses Mabel bij uitreiking 4e Prins Friso Ingenieursprijs in Groningen

    Het Koninklijk Instituut Van Ingenieurs (KIVI) reikt op 21 maart 2018 voor de vierde keer de Prins Friso Ingenieursprijs uit aan de Ingenieur van het Jaar. Ook dit jaar zijn Prinses Beatrix en Prinses Mabel hierbij aanwezig. ​De Rijksuniversiteit Groningen,...

  • 15 februari 2018

    Populaire wetenschapsblogger deelt spintronicafilm

    Een filmpje over het onderzoek van RUG-natuurkundige Bart van Wees is opgepikt door de populaire wetenschapsblogger Hashem Al-Ghaili. Via zijn Facebook site is de film in een paar dagen tijd meer dan 260.000 keer bekeken en ruim 2.100 keer gedeeld....