Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular dynamics study

26 maart 2010

Promotie: Y. Xue, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular dynamics study

Promotor(s): prof.dr. A. Mark

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Contact: Ying Xue, tel. 00 61 4 239 05086, e-mail: y.xue@rug.nl

Moleculaire dynamica van eiwit-vouwing

Het onderzoek van Ying Xue richt zich op het begrijpen van omgevingsinvloeden op de vouwing van peptiden en eiwitten. Door middel van moleculaire dynamica (MD)-simulaties in 'expliciet water' (een bepaald MD-model van het watermolecuul) is in detail geanalyseerd welke omstandigheden eiwitvouwing bevorderen danwel hinderen.

In eerste instantie is onderzocht in hoeverre het krachtenveld in staat is de vouwingsdynamica van een aantal korte peptiden in water te reproduceren. Uit deze simulaties bleek dat de conformationele eigenschappen goed gereproduceerd worden maar dat de vouwingstijden in de simulaties aanzienlijk korter zijn dan de waarden die uit experimentele waarnemingen geschat worden. Als onderdeel van dit deel van het onderzoek werd een nieuwe set torsiepotentialen ontwikkeld die een betere overeenkomst tussen simulatie en gegevens uit röntgenverstrooiingsexperimenten opleveren.

In het tweede deel van het onderzoek werd gepoogd het effect van de chaperonne GroEL op de vouwing van peptiden en eiwitten na te bootsen door de polariteit van oplosmiddel en verdere omgeving te veranderen. In de cel faciliteren chaperonnes zoals GroEL de vouwing van eiwitten en peptides op een energieafhankelijke manier. De simulaties lieten zien dat het mogelijk was de vouwingssnelheid van korte peptiden alsmede een klein eiwit vanuit thermisch ontvouwen toestanden te vergroten. Tenslotte is de invloed van grenslagen op het vouwen van peptiden onderzocht door te kijken naar het effect van polyethyleenglycol (PEG) spacers op de conformationele eigenschappen van korte peptiden en op de grenslaagstructuur van zelfassemblerende schakelbare peptidesurfactanten.

Ying Xue (China, 1977) studeerde Fluid Mechanics aan de Beijng University of Technology. Het onderzoek werd uitgevoerd de afdeling Biophysical Chemistry van de RUG in samenwerking met de University of Queensland (Australië) en gefinancierd door NWO.

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:39

Meer nieuws

  • 11 september 2018

    Van Klokhuis-vraag naar Veni-subsidie

    Als kind was Jorrig Vogels al gefascineerd door taal en vergeleek hij de verschillende woorden voor ingrediënten op verpakkingen. Een jaar terug sleepte de taalonderzoeker een Veni-beurs in de wacht. ‘Taal heeft iets telepathisch: het beeld dat ík in...

  • 07 september 2018

    Constructief overleg – gezamenlijke overeenkomst

    Na een intensief en constructief gesprek met de actievoerende studenten van studentenpartij DAG en ROOD (jongeren SP) is donderdagavond een gezamenlijke overeenkomst bereikt op vier punten, vooral gericht op de lange termijn.

  • 04 september 2018

    Weg met die systeemplafonds

    Als Zuidlarens jongetje vond hij al die oude gebouwen in de stad Groningen maar niks. De interesse in historische panden kwam pas later, tijdens zijn studie Bouwkunde. Als bouwkundige is René Bosscher nu verantwoordelijk voor de buitenkant van de gebouwen...