Generalized genetical genomics. Advanced methods and applications
Promotie: mw. Y. Li, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Generalized genetical genomics. Advanced methods and applications
Promotor(s): prof.dr. R.C. Jansen
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Door China gelauwerde onderzoekster presenteert computerprogramma voor systeemgenetisch onderzoek
Waarom slaat een medicijn bij de een niet en bij de andere wel aan? En waarom hebben ziekteverwekkers niet bij iedereen hetzelfde effect? Achter deze vragen ligt een uiterst complexe biologische puzzel waarbij het DNA een grote rol speelt. Yang Li presenteert in haar proefschrift een nieuw computer programma, designGG, voor het zo goed mogelijk ontwerpen van zogenaamde Generalized genetical genomics (GGG) experimenten. GGG is een methode op het gebied van de systeemgenetica, dat de analyse van genetische variatie combineert met variatie in moleculaire eigenschappen op populatieniveau, in verschillende omgevingen. Dit, met als doel inzicht te krijgen in de interacties tussen genotype en omgevingsinvloeden.
Li ontving in juli 2010 op de Chinese ambassade in Den Haag de Chinese Government Award for Outstanding Student Abroad en werd samen met haar promotor Ritsert Jansen geïnterviewd door Xinhua News Agency, het grootste en officiële nieuwsjournaal van China.
In haar proefschrift gaat Li onder andere in op de meest geopperde kritieken op methoden voor het bepalen van causale relaties met genetische data. Ook onderzocht zij verschillende permutatiemethodieken, voor het bepalen van significantie van ‘quantitative trait loci’ (QTL) en QTL hotspots.
Verder paste zij de GGG methode toe in drie pilotstudies: In de eerste studie toont zij aan dat erfelijke verschillen in de plasticiteit van genexpressie grotendeels gereguleerd worden door genetische factoren in trans. De tweede studie laat zien dat erfelijke verschillen in genexpressie erg gevoelig zijn ten aanzien van het cellulaire ontwikkelingsstadium. In de derde studie, met behulp van genoom-brede tiling arrays, vond zij dat het ‘alternative splicing mechanisme’ in C. elegans in het algemeen genetisch robuust lijkt te zijn en dat slechts een fractie van de genen erfelijke variatie in hun splice patronen laat zien.
Ten slotte bediscussieert Li enkele fundamentele uitdagingen met betrekking tot databewerking, QTL mapping, en netwerkreconstructie en doet suggesties voor vervolgonderzoek om de reikwijdte van de systeemgenetica verder te vergroten.
Yang Li (China, 1974) studeerde analytische chemie aan de Hunan University in China. Haar promotieonderzoek voerde zij uit aan de Rijksuniversiteit Groningen, bij het Groningen Bioinformatics Centre, waar zij als postdoc verder gaat met systeemgenetisch onderzoek naar kanker.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:13 |
Meer nieuws
-
23 april 2024
Negen MSCA Doctoral Network subsidies voor FSE onderzoekers
Negen onderzoekers van de Faculty of Science and Engineering hebben een Horizon Europe Marie Sklodowska Curie Doctoral Network subsidie ontvangen.
-
22 april 2024
Charissa Roossien ontvangt JTF-subsidie voor ontwikkelen Health Tracker
Dr. Charissa Roossien (ENTEG) heeft met succes een Just Transition Fund (JTF) subsidie van 1,8 miljoen euro binnengehaald voor de ontwikkeling van een Health Tracker voor betrouwbare ademhalings- en stofwisselingsanalyse.
-
16 april 2024
RUG ondertekent Barcelona Declaration on Open Research Information
De Rijksuniversiteit Groningen heeft de Barcelona Declaration on Open Research Information (Verklaring Open Onderzoeksinformatie) officieel ondertekend. Dit wordt gezien als een grote stap richting verantwoordelijke onderzoeksbeoordeling en open...