Endogenous viral elements and their influence on the complexity of genomic and transcriptomic data analysis

Endogene virale elementen en hun invloed op de complexiteit van genomische en transcriptomische gegevensanalyse

Endogene virale elementen (EVE's) zijn virale sequenties die in het genoom van een gastheer zijn geïntegreerd en worden overgedragen aan volgende generaties, wat belangrijke inzichten kan bieden in de dynamiek tussen virussen en gastheren. Met de vooruitgang in sequentietechnologieën en metagenomica heeft de groeiende beschikbaarheid van genoomassemblages geleid tot een toename van EVE-ontdekkingen en gerelateerde publicaties. Kritische vragen over hun nauwkeurige analyse en mogelijke invloed op andere onderzoeksresultaten zijn echter grotendeels over het hoofd gezien. 

Dit proefschrift van Nadja Brait pakt deze hiaten aan door beperkingen in de beschikbaarheid en toegankelijkheid van gegevens te onderzoeken en tegelijkertijd vooroordelen in zowel EVE-detectie als hun impact op andere analyses te onderzoeken. Het stelt verbeteringen voor in detectiemogelijkheden en (meta)datakoppeling om nauwkeurigere en reproduceerbare analyses te garanderen. Door onderzoek aan technische processen en biases, streeft dit proefschrift ernaar om een alomvattend kader te bieden voor betrouwbaar EVE-onderzoek, waarbij het propageren van fouten wordt verminderd en de interpretatie van gegevens wordt verbeterd.

Proefschrift: https://hdl.handle.net/11370/f8af03cf-2b58-444d-ac20-495ff7a4c2a8