Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaEvenementen en open dagenPromoties

Promotie mw. M.S. Cretoiu: Metagenomics-guided exploration of natural habitats for bacterial chitinases

Wanneer:vr 29-11-2013 om 11:00
Waar:Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Promotie: mw. M.S. Cretoiu

Proefschrift: Metagenomics-guided exploration of natural habitats for bacterial chitinases

Promotor(s): prof.dr.ir. J.D. van Elsas

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Bodem Nederlandse Vredepeel veelbelovende bron chitineafbrekende bacteriën

Silvia Cretoiu heeft het chitineafbrekende vermogen van bacteriën uit verschillende terrestrische en aquatische milieus onderzocht. Zij maakte hierbij gebruik van de nieuwe middelen die in de moleculaire microbiologie en metagenomics beschikbaar zijn gekomen. Chitine is een wijdverbreid biopolymeer in allerlei organismen. Zo geeft het stevigheid aan de pantsers van kreeften, garnalen en insekten. Ondanks de enorme hoeveelheid die wereldwijd in de natuur wordt geproduceerd (1011 ton per jaar) hoopt chitine zich niet op in het milieu. Dit wijst erop dat chitine efficiënt wordt gerecycled.

De enzymatische afbraak van chitine wordt door chitinases verzorgd. Gedurende het laatste decennium is door de toename van het gebruik van chitine in de landbouw, industrie, en biomedische toepassingen een verhoogde vraag van de biotechnologie naar nieuwe chitinases.

Cretoiu’s onderzoek naar de successie van bacteriën die bij de chitine afbraak betrokken zijn, werd gekoppeld aan de zoektocht naar bacteriële chitinases met verbeterde eigenschappen. Zij selecteerde tien terrestrische en aquatische milieus en ze onderzocht voor wat beterft hun chitineafbrekende microbiële gemeenschappen. De genetische screening van deze microbiële gemeenschappen was gebaseerd op de DNA-sequentie van het chiA gen. Daarbij stelde Cretoiu vast dat de Nederlandse bodem ‘Vredepeel’ die experimenteel met chitinetoevoegingen behandeld was, het meest veelbelovend is voor wat betreft de aanwezigheid van nieuwe chitinases. Cretoiu koppelde de chitineafbrekende bacteriën ook aan het vermogen van de bodem om voor planten ziekteverwekkende organismen te onderdrukken. Haar analyse toonde aan dat twee groepen bacteriën (Oxalobacteraceae en Actinobacteria) cruciaal zijn voor de chitineafbraak. Door de afbraak van chitine verminderen deze bacteriën het succes van deze ziekteverwekkers.

Silvia Cretoiu studeerde microbiologie en biotechnologie aan de universiteit van Boekarest, Roemenië. Haar promotieonderzoek deed zij aan de Rijksuniversiteit Groningen, bij de vakgroep Microbiële Ecologie van het Centre for Ecological and Evolutionary Studies (CEES). Haar onderzoek werd gefinancierd door het EU FP7 project ‘METAEXPLORE- Metagenomics for bioexploration- tools and application’. Inmiddels werkt zij als postdoc bij het NIOZ, afdeling Marine Microbiology.