Sec translocase in action
| Promotie: | Mw. A.G. Komarudin |
| Wanneer: | 09 juli 2019 |
| Aanvang: | 11:00 |
| Promotor: | prof. dr. A.J.M. (Arnold J M) Driessen |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Verplaatsing van eiwit door membraan onderzocht
In bacteriën zorgen ribosomen in het cytosol (celvocht) voor de productie van eiwitten. Maar een groot deel van de eiwitten heeft een functie buiten dit cytosol. In de bacterie Escherichia coli wordt een deel van de eiwitten in de cel door de cytoplasmatisch membraan naar buiten gebracht, of in dit membraan geïntegreerd.
Het systeem dat verantwoordelijk is voor dit proces heet de Sec route. Deze route bestaat uit drie verschillende onderdelen. Allereerst is daar het Sec translocase, dat bestaat uit het SecYEG hetero-trimeer membraaneiwit complex dat een eiwit geleidend kanaal in het membraan vormt. Daarnaast is er het motor eiwit SecA, dat aangedreven door ATP hydrolyse de translocatie aandrijft. En ten slotte is er het bijkomende hetero-dimeer membraaneiwit complex SecDFyajC dat translocatie koppelt aan de proton drijvende kracht of het membraan.
Een belangrijke vooruitgang in het begrijpen van het Sec-translocase was mogelijk door opheldering van de kristalstructuur van het SecA-SecYEG complex uit Thermotoga maritima. De structuur geeft aan dat SecA het SecYEG kanaal binnen komt doormiddel van een zogenaamde twee helix vinger (2HF) die in contact staat met de 4e cytoplasmatische lus van SecY.
Amalina Komarudin onderzocht het belang van 2HF SecA in eiwittranslocatie door dit te verlengen en te verkorten met maximaal ongeveer twee helix omwentelingen. Zij onderzocht vervolgens de dynamiek van de interacties tussen va 2HF van SecA en de SecYEG porie onderzocht. Verder heeft zij de tolerantie van Sec translocase voor de translocatie van chemisch gemodificeerde derivaten van proOmpA verder onderzocht met een focus op de plaats van chemische modificatie.
Het promotieonderzoek van Amalina Komarudin vond plaats bij de afdeling Moleculaire Microbiologie van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB) met financiering via NWO-Levenswetenschappen.