Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS

11 mei 2011

Promotie: mw. C. Christin, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS

Promotor(s): prof.dr. R.P.H. Bischoff, prof.dr. A.G.J. van der Zee, prof.dr. A.K. Smilde

Faculteit: Medische Wetenschappen

 

Bijdrage aan interpretatie gegevens geavanceerde chromatografie LC-MS

In medisch onderzoek wordt in toenemende mate gebruik gemaakt van chromatografie - massaspectrometrie (LC-MS), een geavanceerde vorm van chromatografie. Hiermee kunnen onder andere ziekteverwekkers in lichaamsmateriaal worden opgespoord. Doordat de gebruikte apparatuur steeds gevoeliger wordt, wordt het steeds ingewikkelder onderzoeksresultaten te analyseren.

Promovenda Christin onderzocht hoe complexe LC-MS chromatogrammen beter kunnen worden uitgelijnd. Ze verklaart de combinatie van de uitlijnalgoritmen (Correlation Optimized Warping, Parametric Time Warping en Dynamic Time Warping) met Component Detection Algorithm, om de oorspronkelijke methoden te verbeteren die gebruik maken van het totaal ion chromatogram. Een probleem in het LC-MS-onderzoek is dat het te veel variabelen kan opleveren. In haar proefschrift bespreekt Christin een studie waarin een aantal selectiemethoden voor variabelen met elkaar vergeleken wordt, en test ze de toepasbaarheid van de methoden op eigen labresultaten.

Christin (Tangerang, Indonesië, 1981) studeerde bio-informatica in Zweden. Ze verrichtte haar onderzoek aan de afdeling Farmacie van de Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen van de RUG. Het onderzoek werd medegefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center (NBIC). Christin werkt inmiddels als onderzoeker in het AMC, Amsterdam.

 

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:41

Meer nieuws

  • 19 oktober 2018

    € 4 miljoen EU-subsidie voor onderzoek naar erfelijke stofwisselingsziekten

    Een onderzoeksnetwerk, geleid door Barbara Bakker en Terry Derks van de afdeling kindergeneeskunde van het UMCG, heeft een EU-subsidie gekregen van € 4 miljoen. Hiermee kunnen zij vijftien jonge onderzoekers aantrekken, die onderzoek gaan doen naar...

  • 18 oktober 2018

    Toegangscontrole Universiteitsbibliotheek Binnenstad

    In november worden de toegangspoortjes in de Universiteitsbibliotheek Binnenstad getest. Als deze test naar tevredenheid verloopt, worden de poortjes definitief in gebruik genomen.

  • 16 oktober 2018

    Consultatiebureaus voor ouderen niet effectief

    Kan een Consultatiebureau voor ouderen er voor zorgen dat (kwetsbare) ouderen zo gezond mogelijk oud worden? Nee, zo blijkt uit onderzoek van het UMCG, Rijksuniversiteit Groningen, Hogeschool Windesheim en Leyden Academy on Vitality and Ageing.