Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS

11 mei 2011

Promotie: mw. C. Christin, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS

Promotor(s): prof.dr. R.P.H. Bischoff, prof.dr. A.G.J. van der Zee, prof.dr. A.K. Smilde

Faculteit: Medische Wetenschappen

 

Bijdrage aan interpretatie gegevens geavanceerde chromatografie LC-MS

In medisch onderzoek wordt in toenemende mate gebruik gemaakt van chromatografie - massaspectrometrie (LC-MS), een geavanceerde vorm van chromatografie. Hiermee kunnen onder andere ziekteverwekkers in lichaamsmateriaal worden opgespoord. Doordat de gebruikte apparatuur steeds gevoeliger wordt, wordt het steeds ingewikkelder onderzoeksresultaten te analyseren.

Promovenda Christin onderzocht hoe complexe LC-MS chromatogrammen beter kunnen worden uitgelijnd. Ze verklaart de combinatie van de uitlijnalgoritmen (Correlation Optimized Warping, Parametric Time Warping en Dynamic Time Warping) met Component Detection Algorithm, om de oorspronkelijke methoden te verbeteren die gebruik maken van het totaal ion chromatogram. Een probleem in het LC-MS-onderzoek is dat het te veel variabelen kan opleveren. In haar proefschrift bespreekt Christin een studie waarin een aantal selectiemethoden voor variabelen met elkaar vergeleken wordt, en test ze de toepasbaarheid van de methoden op eigen labresultaten.

Christin (Tangerang, Indonesië, 1981) studeerde bio-informatica in Zweden. Ze verrichtte haar onderzoek aan de afdeling Farmacie van de Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen van de RUG. Het onderzoek werd medegefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center (NBIC). Christin werkt inmiddels als onderzoeker in het AMC, Amsterdam.

 

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:41
printOok beschikbaar in het: English

Meer nieuws