Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS

11 mei 2011

Promotie: mw. C. Christin, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS

Promotor(s): prof.dr. R.P.H. Bischoff, prof.dr. A.G.J. van der Zee, prof.dr. A.K. Smilde

Faculteit: Medische Wetenschappen

 

Bijdrage aan interpretatie gegevens geavanceerde chromatografie LC-MS

In medisch onderzoek wordt in toenemende mate gebruik gemaakt van chromatografie - massaspectrometrie (LC-MS), een geavanceerde vorm van chromatografie. Hiermee kunnen onder andere ziekteverwekkers in lichaamsmateriaal worden opgespoord. Doordat de gebruikte apparatuur steeds gevoeliger wordt, wordt het steeds ingewikkelder onderzoeksresultaten te analyseren.

Promovenda Christin onderzocht hoe complexe LC-MS chromatogrammen beter kunnen worden uitgelijnd. Ze verklaart de combinatie van de uitlijnalgoritmen (Correlation Optimized Warping, Parametric Time Warping en Dynamic Time Warping) met Component Detection Algorithm, om de oorspronkelijke methoden te verbeteren die gebruik maken van het totaal ion chromatogram. Een probleem in het LC-MS-onderzoek is dat het te veel variabelen kan opleveren. In haar proefschrift bespreekt Christin een studie waarin een aantal selectiemethoden voor variabelen met elkaar vergeleken wordt, en test ze de toepasbaarheid van de methoden op eigen labresultaten.

Christin (Tangerang, Indonesië, 1981) studeerde bio-informatica in Zweden. Ze verrichtte haar onderzoek aan de afdeling Farmacie van de Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen van de RUG. Het onderzoek werd medegefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center (NBIC). Christin werkt inmiddels als onderzoeker in het AMC, Amsterdam.

 

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:41
printOok beschikbaar in het: English

Meer nieuws

  • 23 februari 2018

    Miljoenenpremies naar vier Groningse toponderzoekers

    Vier Groningse RUG-wetenschappers krijgen ieder anderhalf miljoen euro om de komende vijf jaar onderzoek te doen en een onderzoeksgroep op te bouwen. Zij ontvangen een Vici-beurs uit de Vernieuwingsimpuls van NWO. Vici is een van de grootste persoonsgebonden...

  • 23 februari 2018

    Kinderen met astma blijken aangepast dna te hebben

    Kinderen met astma blijken epigenetische, chemische veranderingen van hun dna te hebben. Op hun dna zijn nu 14 plekken vastgesteld, die samenhangen met astma. Het bijzondere is dat deze 14 plekken in de eerste 4 jaar van hun leven zijn veranderd. Deze...

  • 21 februari 2018

    Provincie en RUG maken werk van duurzame landbouw

    De Provincie Groningen en de Rijksuniversiteit Groningen (RUG) slaan de handen ineen om de landbouwsector verder te verduurzamen. Hiertoe wordt een Bijzondere Leerstoel Natuurinclusieve Landbouw opgericht aan de RUG. De Provincie​draagt via haar Programma...