A proteomics approach to inner membrane biogenesis in Escherichia coli

Promotie: mw. C.E. Price, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: A proteomics approach to inner membrane biogenesis in Escherichia coli

Promotor(s): prof.dr. A.J.M. Driessen

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Proteomics en membraaneiwitbiogenese in Escherichia coli

Claire Price bestudeerde de rol van Escherichia coli YidC in membraaneiwitbiogenese, en dan met name van de subeenheden van respiratie-eiwitcomplexen. Een gerichte proteomics aanpak is gebruikt om het effect van YidC-depletie op componenten van de anarobe elektronentransportsystemen te achterhalen. Hieruit is gebleken dat YidC-depletie onder deze omstandigheden een forse groeivermindering veroorzaakt en dat een aantal respiratiecomplexen negatief werd beïnvloed. Dit is breder onderzocht met metabolic labeling met 15N/14N om alle membraanproteome veranderingen na YidC-depletie onder zowel aerobe als anaerobe omstandigheden te achterhalen. Dat leidde tot de identificatie van mogelijke YidC-substraten. Vervolgens werden de in vitro insertievereisten van subeenheid K van complex I gekarakteriseerd. Het is duidelijk geworden dat NuoK zowel Sec translocase als YidC nodig heeft voor membraaninsertie. In de membraan aanwezige negatieve ladingen in NuoK zijn verantwoordelijk voor de YidC-afhankelijkheid van dit eiwit. Met gebruikt van de mechanosensitieve kanaal MscL, is het ook bewezen dat in vitro translatie en membraan insertie systemen kunnen worden geëxploiteerd om actieve oligomeric eiwit complexen buiten de cel te produceren. Omdat het bewezen is dat YidC een interactie heeft met het SecDFYajC-complex, is het effect van SecDFYajC-depletie op de membraanproteome van E. coli ook onderzocht. De bevindingen worden bedicussieerd in de context van de huidige kennis van de Oxa1/Alb3/YidC familie van eiwitten en dan met name de diverse functies van YidC in membraaneiwitbiogenese in E. coli.

Claire Price (Zuid-Afrika, 1980) studeerde aan de universiteit van Kaapstad en deed haar promotieonderzoek aan de Rijksuniversiteit Groningen bij de afdeling Moleculaire microbiologie van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute. Haar onderzoek werd gefinancierd door het Netherlands Proteomics Centre. Inmiddels werkt zij als postdoc bij de afdeling Genetics and Biochemistry van de RUG.