Computational genomics of prokaryotes

Promotie: E.J. Blom, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Computational genomics of prokaryotes

Promotor(s): prof.dr. O.P. Kuipers, prof.dr. J.B.T.M. Roerdink

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Het gebruik van DNA microarray chips levert grote hoeveelheden gegevens op over expressiepatronen van genen. Evert-Jan Blom deed onderzoek naar de ontwikkeling van programma’s voor de analyse en visualisatie van deze genexpressie-informatie.

Hij ontwikkelde hiervoor diverse applicaties, variërend van functionele verrijkinganalyses, identificatie en visualisatie van regulatoire elementen, annotatie van clusteringresultaten en functievoorspellingen voor genen met onbekende functies met behulp van genexpressie gegevens. Dit is belangrijk omdat deze gegevens onderzoekers in staat stellen om biologische vragen vanuit een functioneel en regulatoir perspectief te benaderen. Hoewel de toepassing van DNA microarrays ruim vertegenwoordigd is in verschillende onderzoeksgebieden, blijft de analyse van de verkregen gegevens nog steeds een uitdaging.

Ook beschrijft Blom in zijn proefschrift de resultaten van de analyse van een grote tijdserie-dataset van de modelbacterie B.subtilis met behulp van de eerder beschreven tools. De meest opmerkelijke ontdekking met zijn analyse is het ontstaan van stress tijdens de overgangen tussen de verschillende groeifasen. Deze stressreacties worden niet veroorzaakt door externe prikkels of kunstmatig veroorzaakte stressomstandigheden, maar komen van nature voor tijdens de groeifasen van B. subtilis.

Evert-Jan Blom (Delfzijl, 1978) studeerde biologie aan de Rijksuniversiteit Groningen, waar hij zijn promotieonderzoek deed bij de vakgroep Moleculaire Genetica. Het onderzoek werd gefinancierd door NWP-BMI. Inmiddels werkt hij bij Keygene, als bioinformatica researcher bij de Lead discovery afdeling.