Skip to ContentSkip to Navigation
Over ons Actueel Nieuws Nieuwsberichten

Computational genomics of prokaryotes

11 december 2009

Promotie: E.J. Blom, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Computational genomics of prokaryotes

Promotor(s): prof.dr. O.P. Kuipers, prof.dr. J.B.T.M. Roerdink

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Het gebruik van DNA microarray chips levert grote hoeveelheden gegevens op over expressiepatronen van genen. Evert-Jan Blom deed onderzoek naar de ontwikkeling van programma’s voor de analyse en visualisatie van deze genexpressie-informatie.

Hij ontwikkelde hiervoor diverse applicaties, variërend van functionele verrijkinganalyses, identificatie en visualisatie van regulatoire elementen, annotatie van clusteringresultaten en functievoorspellingen voor genen met onbekende functies met behulp van genexpressie gegevens. Dit is belangrijk omdat deze gegevens onderzoekers in staat stellen om biologische vragen vanuit een functioneel en regulatoir perspectief te benaderen. Hoewel de toepassing van DNA microarrays ruim vertegenwoordigd is in verschillende onderzoeksgebieden, blijft de analyse van de verkregen gegevens nog steeds een uitdaging.

Ook beschrijft Blom in zijn proefschrift de resultaten van de analyse van een grote tijdserie-dataset van de modelbacterie B.subtilis met behulp van de eerder beschreven tools. De meest opmerkelijke ontdekking met zijn analyse is het ontstaan van stress tijdens de overgangen tussen de verschillende groeifasen. Deze stressreacties worden niet veroorzaakt door externe prikkels of kunstmatig veroorzaakte stressomstandigheden, maar komen van nature voor tijdens de groeifasen van B. subtilis.

Evert-Jan Blom (Delfzijl, 1978) studeerde biologie aan de Rijksuniversiteit Groningen, waar hij zijn promotieonderzoek deed bij de vakgroep Moleculaire Genetica. Het onderzoek werd gefinancierd door NWP-BMI. Inmiddels werkt hij bij Keygene, als bioinformatica researcher bij de Lead discovery afdeling.

Laatst gewijzigd:18 april 2019 16:40
Deel dit Facebook LinkedIn
View this page in: English

Meer nieuws

  • 02 juli 2025

    Investering van € 30 miljoen voor RUG spin-off Portal Biotech

    Portal Biotech, een pionier op het gebied van eiwitidentificatie en -sequencing met behulp van nanoporiën, heeft een bedrag van € 30 miljoen aan serie A-financiering opgehaald. De financiering zal worden gebruikt voor de commerciële uitrol en...

  • 01 juli 2025

    ‘Geef zeehonden de ruimte’

    De Waddenzee verandert voortdurend. De lokale dieren hebben adaptaties nodig om te overleven in een omgeving die is vormgegeven door de getijden. Door de zeehonden in het gebied te onderzoeken zijn PhD-onderzoekers Margarita Méndez-Aróstegui en...

  • 30 juni 2025

    David Lentink partner in internationaal onderzoeksproject naar diernavigatie

    Prof. dr. David Lentink is partner in het NaviSense project dat van de Duitse overheid 54,7 miljoen euro toegekend heeft gekregen voor onderzoek naar de mechanismen die dieren gebruiken om te navigeren en hoe deze mechanismen technologie kunnen...