Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS
Promotie: mw. C. Christin, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS
Promotor(s): prof.dr. R.P.H. Bischoff, prof.dr. A.G.J. van der Zee, prof.dr. A.K. Smilde
Faculteit: Medische Wetenschappen
Bijdrage aan interpretatie gegevens geavanceerde chromatografie LC-MS
In medisch onderzoek wordt in toenemende mate gebruik gemaakt van chromatografie - massaspectrometrie (LC-MS), een geavanceerde vorm van chromatografie. Hiermee kunnen onder andere ziekteverwekkers in lichaamsmateriaal worden opgespoord. Doordat de gebruikte apparatuur steeds gevoeliger wordt, wordt het steeds ingewikkelder onderzoeksresultaten te analyseren.
Promovenda Christin onderzocht hoe complexe LC-MS chromatogrammen beter kunnen worden uitgelijnd. Ze verklaart de combinatie van de uitlijnalgoritmen (Correlation Optimized Warping, Parametric Time Warping en Dynamic Time Warping) met Component Detection Algorithm, om de oorspronkelijke methoden te verbeteren die gebruik maken van het totaal ion chromatogram. Een probleem in het LC-MS-onderzoek is dat het te veel variabelen kan opleveren. In haar proefschrift bespreekt Christin een studie waarin een aantal selectiemethoden voor variabelen met elkaar vergeleken wordt, en test ze de toepasbaarheid van de methoden op eigen labresultaten.
Christin (Tangerang, Indonesië, 1981) studeerde bio-informatica in Zweden. Ze verrichtte haar onderzoek aan de afdeling Farmacie van de Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen van de RUG. Het onderzoek werd medegefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center (NBIC). Christin werkt inmiddels als onderzoeker in het AMC, Amsterdam.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:12 |
Meer nieuws
-
04 juli 2025
RUG reikt verschillende prijzen uit tijdens Ceremony of Merits
De RUG heeft verschillende prijzen uitgereikt aan excellente onderzoekers en studenten tijdens de Ceremony of Merits op 4 juli 2025.
-
02 juli 2025
Relinde Weil herbenoemd als lid van Raad van Toezicht RUG
Het heeft de Minister behaagd Relinde Weil te benoemen voor een tweede termijn als lid van de Raad van Toezicht RUG.