Genome diagnostics in transition: a paradigm shift in clinical genetic testing
Genoomdiagnostiek in transitie: een paradigmaverschuiving in klinisch genetisch onderzoek
Genoomdiagnostiek onderzoekt het DNA van een patiënt om genetische veranderingen op te sporen die ziekten kunnen veroorzaken. Deze veranderingen kunnen klein zijn—zoals een verschil van één letter in de DNA-code—of groter, zoals ontbrekende, extra of verplaatste stukken DNA. Het opsporen van deze veranderingen is essentieel voor het stellen van een diagnose en het ondersteunen van beslissingen rondom een kinderwens. Het blijft echter een uitdaging om alle DNA-veranderingen te vinden, waardoor meerdere testen nodig zijn.
In de afgelopen tien jaar is next-generation sequencing (NGS) uitgegroeid tot een veelgebruikte techniek waarmee veel genen en patiënten tegelijk kunnen worden geanalyseerd. NGS is geschikt voor het opsporen van kleine veranderingen, laagfrequente varianten en het in beeld brengen van genactiviteit (RNA-transcriptie). Ondanks deze voordelen kent NGS ook beperkingen. Omdat het DNA in korte fragmenten wordt gelezen, presteert NGS minder goed in complexe of repetitieve genoomgebieden. Daarnaast is NGS minder betrouwbaar voor het detecteren van structurele veranderingen en kan het niet altijd vaststellen of een genetische verandering van de moeder of de vader afkomstig is.
Nieuwere technologieën, zoals long-read sequencing, kunnen langere DNA-fragmenten aflezen. Hierdoor worden complexe veranderingen beter zichtbaar en kan het aantal testen worden verminderd.
Het eerste deel van dit proefschrift van Eduard de Boer richt zich op het verbeteren van NGS-gebaseerde diagnostiek, waaronder prenatale en neonatale screening en het detecteren van lage hoeveelheden specifiek DNA of RNA. Het tweede deel richt zich op verbetering van genetische diagnostiek voor erfelijke ziekten en bloedkanker. Zo kan in de toekomst sneller en nauwkeuriger een diagnose worden gesteld.