Antimicrobials of Bacillus species: mining and engineering
| Promotie: | dr. X. Zhao, PhD |
| Wanneer: | 12 december 2016 |
| Aanvang: | 09:00 |
| Promotors: | O.P. (Oscar P) Kuipers, prof. dr. Z. Zhou |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Science and Engineering |
Zoektocht naar nieuwe antimicrobiële middelen
Bacteriën van de soort Bacillus zijn met succes gebruikt om de groei van verschillende andere bacteriën en schimmels te onderdrukken. Door de beschikbaarheid van volledig bekende genomen van Bacillus en de ontwikkeling van technieken om deze genomen te doorzoeken, kunnen nieuwe antimicrobiële stoffen worden ontdekt en toegevoegd.
Xin Zhao ontwikkelde een nieuw classificatiesysteem van bekende en potentiële antimicrobiële stoffen uit Bacillus dat voortkomt uit genoomonderzoek. Het voorspellen, isoleren en screenen van Bacillus stammen die een antimicrobiële werking vertonen blijft verassingen opleveren en onderstreept de rijkdom die deze organismen in zich hebben.
Zhao beschrijft de bacterie Bacillus sp. BH072. Deze stam is uit honing geïsoleerd en remt de groei van schimmels. Om de antischimmel werking nader te onderzoeken, werden de peptiden uit het fermentatiemedium geïsoleerd en geïdentificeerd door gebruik te maken van een combinatie van zuiveringsmethoden. De genen die coderen voor de gevonden peptiden zijn eveneens onderzocht.
Vervolgens heeft Zhao de complete genoomsequentie van Bacillus sp. BH072 beschreven, waarbij deze als Bacillus amyloliquefaciens is geïdentificeerd. Een zoektocht met behulp van speciale softwarelaat zien dat het complete mersacidine operon aanwezig is in het genoom van BH072, terwijl geen mersacidine was aangetroffen in de kweekvloeistof. De machinerie voor de biosynthese van nisine geeft nieuwe kansen om een breder scala aan lantipeptiden te produceren met verschillende modificaties. Ten slotte beschrijft Zhao de productie van klasse I en II hybride lantibiotica (nisine en mersacidine) met behulp van de nisine leadersequentie en NisBC samen met GdmD in Lactococcus lactis.
Xin Zhao verrichtte zijn promotieonderzoek bij de afdeling Moleculaire Genetica van het Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute, met financiering van de China Scholarship Council. Zij werkt nu als postdoc aan de Tsinghua University (China).