Efficient biosynthetic incorporation of tryptophan analogues, and spectroscopic characterization of tryptophan-analogue labelled LysM proteins
Promotie: | Dhr. D. Petrovic |
Wanneer: | 07 februari 2014 |
Aanvang: | 16:15 |
Promotor: | prof. dr. B.W. Dijkstra |
Copromotor: | dr. J. (Jaap) Broos |
Waar: | Academiegebouw RUG |
Faculteit: | Science and Engineering |
Dejan Pétrovic verrichtte onderzoek naar de vraag hoe het
aminozuur tryptofaan kan worden toegepast in
fluorescentiespectroscopie, een onderzoeksmethode die in de laatste
decennia belangrijk is geworden in de levenswetenschappen.
Tryptofaan (Trp) heeft eigenschappen die maken dat het erg geschikt
is voor het bestuderen van eiwitstructuren en eiwitdynamica. Deze
eigenschappen kunnen in de praktijk echter alleen optimaal benut
worden als gezuiverd eiwit met slechts 1 of 2 Trp-residuen gebruikt
wordt.
Eén mogelijkheid om een mengsel van eiwitten m.b.v.
fluorescentie te bestuderen is het vervangen van een specifieke Trp
in één van de eiwitten door een Trp-analogon. Vanwege de
aanwezigheid van een onnatuurlijk aminozuur worden deze eiwitten
ook wel alloproteïnes genoemd. Eén van de doelen van het
promotieproject was te onderzoeken of Trp-analogon bevattende
eiwitten gebruikt kunnen worden als moleculair herkenningselement
in een biosensor. Daarnaast zijn een aantal nieuwe procedures
ontwikkeld voor de productie van alloproteïnes.
Tot nu toe was er geen gevoelige spectroscopische methode
voorhanden om de interactie tussen LysM domeinen en de celwand
direct te kunnen volgen. In hoofdstuk 2 wordt een
fluorescentiemethode gepresenteerd waarmee deze interactie gevolgd
kan worden.
In hoofdstuk 3 wordt een Lactococcus lactis Trp auxotroof expressie
systeem beschreven dat de biosynthetische inbouw van Trp-analoga
met grotere substituenten mogelijk maakt.
In hoofdstuk 4 worden experimentele data gepresenteerd over de
emissietoestand van vrij 5HI en 5HW, en van 5HW ingebouwd in een
eiwit. Hieruit blijkt dat in de meeste gevallen 1 L b de
emissietoestand is. Echter, één eiwit vertoont zowel 1 L
a en 1 L b emissie.
Het onderzoek van Dejan Petrovic werd uitgevoerd bij de afdeling
Biophysical Chemistry en gefinancierd door Nanonet. Petrovic gaat
door als postdoc bij het Zernike Institute for Advanced Materials
van de RUG.