The interplay between genetics, the microbiome, DNA‐methylation & gene‐expression
| Promotie: | M.J. Bonder |
| Wanneer: | 22 maart 2017 |
| Aanvang: | 12:45 |
| Promotors: | prof. dr. C. (Cisca) Wijmenga, prof. dr. L.H. (Lude) Franke |
| Copromotor: | prof. dr. A.P. (Alexandra/Sasha) Zhernakova |
| Waar: | Academiegebouw RUG |
| Faculteit: | Medische Wetenschappen / UMCG |
Rol van darmbacteriën en DNA-methylatie op gezondheid
Veel factoren spelen mee bij het ontstaan van ziekten. Naast genetische varianten zijn dat onder meer de verschillende soorten micro-organismen in de darmen (het microbioom) en chemische veranderingen in het DNA, zoals methylering (ook wel epigenetische modificatie genoemd). Externe factoren spelen een rol bij veranderingen in het microbioom en DNA methylering. Marc Jan Bonder bracht een aantal in kaart en stelde vast dat het gebruik van protonenpomp remmers, veel gebruikte geneesmiddelen bij maagklachten, een grote invloed heeft op het microbioom.
Het gebruik van protonenpomp remmers zorgt voor een daling van de microbiële diversiteit in de darmen en een verandering in zeker een vijfde van alle aanwezige hoofdgroepen bacteriën. Patiënten die de remmers slikten hadden bijvoorbeeld vaker mondbacteriën in hun darmen.
Verder bleek aan de hand van de samenstelling van het microbioom een deel van de variatie in lipide gehaltes in het bloed (met name triglyceriden) te verklaren. Ook was het mogelijk op basis van het microbioom een voorspelling te doen over de body mass index (BMI, een maat voor overgewicht). Bonder stelt dat het wellicht mogelijk is door manipulatie van het microbioom het gewicht en de bloedlipiden gunstig te beïnvloeden.
In een studie naar DNA-methylatie vond Bonder dat het mogelijk was aan de hand van methylatie profielen een deel van de variatie in body mass index te verklaren. Omdat ook genen hier een invloed op hebben stelt hij dat het combineren van genetische en epigenetische factoren van grote waarde kan zijn bij het voorspellen van menselijke fenotypen.
Marc Jan Bonder (1989) studeerde Bioinformatica aan de Hanze Hogeschool & de Vrije Universiteit Amsterdam. Zijn onderzoek is onderdeel van het onderzoeksprogramma 3GI: Groningen Institute for gastro intestinal genetics and immunology van onderzoeksinstituut GUIDE. Het onderzoek werd gefinancierd door een Rosalind Franklin beurs toegekent aan Alexandra Zhernakova en het BBMRI-BIOS project. Bonder is nu werkzaam als postdoc bij EMBL European Bioinformatics Institute in Hinxton, Cambridge, Engeland. De titel van zijn proefschrift luidt: The interplay between genetics, the microbiome, DNA‐methylation & gene‐expression.
Zie ook het nieuwsbericht Onze genen beïnvloeden bacteriën in de darm