Surfing the metabolome. Application of high resolution mass spectrometry to the analysis of single cell organisms
Promotie: dhr. R.A. Scheltema, 13.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: Surfing the metabolome. Application of high resolution mass spectrometry to the analysis of single cell organisms
Promotor(s): prof.dr. R.C. Jansen, prof.dr. R. Breitling
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Nieuwe bioinformatica strategieën voor 'untargeted metabolomics'
Data die uit zogenaamde 'untargeted metabolomics' experimenten met massa spectrometrie worden verkregen, zijn erg complex. Om er relevante informatie uit te distilleren moeten de informatici slim te werk gaan. Een typisch profiel bevat naast de signalen afkomstig van echte metabolieten, ook grote hoeveelheden aan verschillende soorten ruis, inclusief signalen afkomstig van afgeleide moleculen (b.v. isotopen, toevoegingen en fragmenten). De uitdaging is om de signalen van de echte metabolieten te detecteren, identificeren en te kwantificeren op een betrouwbare manier.
Het doel van het onderzoek van Richard Scheltema was het ontwikkelen van bioinformatica-strategieën en -hulpmiddelen om de complexe data te analyseren die afkomstig zijn van eencellige organismen. Daarvoor bestudeerde hij de protozoa parasiet Leishmania donovani en de Gram-positieve bacterie Streptomyces coelicolor. Deel 1 beschrijft het experimentele protocol om de massa spectrometrie analyse uit te voeren en een nieuwe aanpak voor de analyse van de opgenomen data. Deel 2 beschrijft de twee biologische studies. De eerste leidde tot de indentificatie van metabolieten uit L. donovani die waren ontstaan tijdens de ontwikkeling van resistentie tegen geneesmiddelen. In de tweede ging het om metabolieten uit S. coelicolor die ontstaan tijdens de reactie op zout-stress. Deel 3 bespreekt de vooruitzichten van metabolomics onderzoek en definieert enkele toekomstige onderzoeklijnen.
Richard Scheltema (Bolsward, 1975) studeerde Computing Science in Groningen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij het Groningen Bioinformatics Centre. Scheltema gaat door in het onderzoek bij het Max Planck Institute for Biochemistry.
Laatst gewijzigd: | 13 maart 2020 01:15 |
Meer nieuws
-
07 mei 2024
Lezing met binnenkort Eredoctor Gerrit Hiemstra op 24 mei
FSE geeft hem het woord voor een lezing getiteld 'Science, let's talk about' in de ochtend van 24 mei
-
29 april 2024
Sensor met gevoel
In Makers van de RUG belichten we elke twee weken een onderzoeker die iets concreets heeft ontwikkeld: van zelfgemaakte meetapparatuur voor wetenschappelijk onderzoek tot kleine of grote producten die ons dagelijks leven kunnen veranderen. Zo...
-
29 april 2024
Behind the scenes: hoe studenten van de RUG en Hanze samen een Marsrover ontwikkelen
Dit jaar doen de studenten van het Makercieteam mee aan de fysieke editie van de European Rover Challenge in Polen. Lees hier meer over de samenwerking binnen het team tussen de RUG en de Hanzehogeschool.