Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Computational genomics of prokaryotes

11 december 2009

Promotie: E.J. Blom, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Proefschrift: Computational genomics of prokaryotes

Promotor(s): prof.dr. O.P. Kuipers, prof.dr. J.B.T.M. Roerdink

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

Contact: Evert-Jan Blom, tel. 0317-46 6866, e-mail: ejb@keygene.com

Analyse en visualisatie van genexpressie-informatie

Het gebruik van DNA microarray chips levert grote hoeveelheden gegevens op over expressiepatronen van genen. Evert-Jan Blom deed onderzoek naar de ontwikkeling van programma’s voor de analyse en visualisatie van deze genexpressie-informatie.

Hij ontwikkelde hiervoor diverse applicaties, variërend van functionele verrijkinganalyses, identificatie en visualisatie van regulatoire elementen, annotatie van clusteringresultaten en functievoorspellingen voor genen met onbekende functies met behulp van genexpressie gegevens. Dit is belangrijk omdat deze gegevens onderzoekers in staat stellen om biologische vragen vanuit een functioneel en regulatoir perspectief te benaderen. Hoewel de toepassing van DNA microarrays ruim vertegenwoordigd is in verschillende onderzoeksgebieden, blijft de analyse van de verkregen gegevens nog steeds een uitdaging.

Ook beschrijft Blom in zijn proefschrift de resultaten van de analyse van een grote tijdserie-dataset van de modelbacterie B.subtilis met behulp van de eerder beschreven tools. De meest opmerkelijke ontdekking met zijn analyse is het ontstaan van stress tijdens de overgangen tussen de verschillende groeifasen. Deze stressreacties worden niet veroorzaakt door externe prikkels of kunstmatig veroorzaakte stressomstandigheden, maar komen van nature voor tijdens de groeifasen van B. subtilis.

Evert-Jan Blom (Delfzijl, 1978) studeerde biologie aan de Rijksuniversiteit Groningen, waar hij zijn promotieonderzoek deed bij de vakgroep Moleculaire Genetica. Het onderzoek werd gefinancierd door NWP-BMI. Inmiddels werkt hij bij Keygene, als bioinformatica researcher bij de Lead discovery afdeling.

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:39

Meer nieuws

  • 18 oktober 2018

    Toegangscontrole Universiteitsbibliotheek Binnenstad

    In november worden de toegangspoortjes in de Universiteitsbibliotheek Binnenstad getest. Als deze test naar tevredenheid verloopt, worden de poortjes definitief in gebruik genomen.

  • 16 oktober 2018

    Digital Society Conferentie Nederlandse universiteiten

    De digitale informatietechnologie dringt steeds dieper door in onze samenleving. Daarom organiseren de veertien Nederlandse universiteiten, verenigd in de VSNU, op dinsdag 27 november de internationale Digital Society Conference in de Rijtuigenloods...

  • 09 oktober 2018

    Wat de wereld écht moet weten over leiderschap

    ‘Weet jij hoe vaak organisaties een verkeerde leider selecteren?’, vraagt Janka Stoker. ‘Volgens recent onderzoek van Gallup gebeurt dat in maar liefst 82% van de gevallen! Deze leiders werden vaak gekozen omdat ze toevallig uitblonken in hun vorige,...