Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

Characterisation of actinomycete integrative and conjugative elements

25 april 2008

Promotie: mw. E.M. te Poele, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen

Titel: Characterisation of actinomycete integrative and conjugative elements

Promotor: prof.dr. L. Dijkhuizen

Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen

 

Karakterisering van actinomyceet integratieve en conjugatieve elementen

Een actinomyceet, ook wel straalschimmel genoemd, is een organisme dat tussen de schimmel en de bacterie inzit. Evelien te Poele heeft onderzoek gedaan naar kleine DNA-elementen in actinomyceten. Deze zogenaamde “actinomyceet integratieve en conjugatieve elementen (AICE’s)” bevinden zich geïntegreerd in een specifiek tRNA gen in het genoom van hun gastheer, maar kunnen ook vrij repliceren en overgedragen worden naar andere cellen door middel van conjugatie. Het onderzoek verschaft meer inzicht in de functionele eigenschappen, onderlinge verwantschap en evolutie van AICE’s. Een van haar belangrijkste resultaten is de identificatie van een uniek replicatie initiator eiwit, RepAM, die de basis vormt van een nieuwe groep elementen binnen de AICE’s, de pMEA-elementen. Een voorbeeld hiervan is pMEA300 van Amycolatopsis methanolica.

Verder bleek, uit analyse van ~100 Amycolatopsis stammen, dat pMEA-achtige elementen wijd verspreid voorkomen en dat er tenminste twee geografisch verschillende groepen zijn: een groep elementen die alleen voorkomt in stammen uit Australië en Azië en een groep die alleen in Europese isolaten werd aangetroffen. Blijkbaar heeft er in de evolutie van deze elementen een tweesplitsing van de stammen plaatsgevonden waarmee de elementen zijn gecoëvolueerd.

Uit onderzoek van bacteriële genoomsequenties in online databases concludeert Te Poele dat AICE’s aanwezig zijn in verscheidene actinomyceetgeslachten. Opmerkelijk is dat AICE’s zijn opgebouwd uit een integratie-, replicatie-, conjugatie- en regulatiemodule en dat de volgorde van deze modules gelijk is binnen alle AICE’s. Analyse van de nieuw ontdekte AICE’s en de genomen waarin ze zijn geïntegreerd, suggereert dat AICE’s het genoom van hun gastheer kunnen veranderen en betrokken zijn bij horizontale gen overdracht van bijvoorbeeld secundaire metaboliet clusters. Het is daarom aannemelijk dat AICE’s een belangrijke rol spelen in de evolutie van actinomyceten.

Evelien te Poele (Eibergen, 1971) studeerde Biologie aan de Rijksuniversiteit Groningen, waar zij haar promotieonderzoek uitvoerde bij de afdeling Microbiologie, Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB). /FC

 

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:37

Meer nieuws