Skip to ContentSkip to Navigation
Over onsNieuws en agendaNieuwsberichten

022 - Bioinformatici wederom publicatie in een 'Nature'-tijdschrift

21 februari 2007

Na de recente publicatie in Nature Genetics boekt de jonge onderzoeksgroep Groningen Bioinformatica Centrum (GBIC) van de Rijksuniversiteit Groningen opnieuw succes. Deze keer viel de eer te beurt aan aio Morris Swertz en zijn begeleider, hoogleraar Ritsert Jansen. Deze week verscheen in Nature Reviews Genetics hun artikel Beyond standardization: dynamic software infrastructures for systems biology.

In hun publicatie beargumenteren Swertz en Jansen dat ‘een kleine computertaal’ en een ‘generator software tool’ samen een oplossing kunnen bieden om enorme hoeveelheden data - bijvoorbeeld verzameld in studies naar complexe (genetische) ziekten - beter toegankelijk, analyseerbaar en uitwisselbaar te maken.

Standaard software is onvoldoende

Onderzoek aan dergelijke data is tot op heden moeilijk omdat onderzoeksgroepen vaak hun eigen software moeten ontwikkelen of bestaande software moeten aanpassen om aan hun specifieke onderzoeksbehoeften tegemoet te komen. Zij moeten als het ware steeds opnieuw het wiel uitvinden. In het verleden zijn al vaak iniatieven genomen om zulke software te standaardiseren maar dat is onvoldoende gebleken, zeggen Swertz en Jansen: 'De oplossing ligt beyond standardization'.

Massaproductie op maat

Swertz en Jansen stellen voor om, met de kleine taal, maatwerk-software samen te stellen uit een menu van herbruikbare bouwstenen, om vervolgens met de generator tool de software automatisch te laten bouwen. Via deze ‘massaproductie op maat’ (mass customization) zijn aanpassingen snel te realiseren en wordt het beter mogelijk bij te blijven in het zich snel voortschrijdend onderzoeksveld van de biologie.

Uitwisselbaar

Nieuw ontwikkelde bouwstenen zijn uitwisselbaar zodat andere laboratoria ze ook snel kunnen inpassen. Bovendien vereenvoudigt het hergebruik van bouwstenen de uitwisseling van data tussen onderzoeksgroepen. Het artikel beschrijft leidende voorbeelden van dergelijke software waaronder het mede door GBIC ontwikkelde MOLGENIS.


Noot voor de pers

- Meer informatie: Morris Swertz, tel. (0 50) 363 8091 of 06 52 606 501; m.a.swertz@rug.nl

Laatst gewijzigd:15 september 2017 15:26

Meer nieuws