Skip to ContentSkip to Navigation
Over ons Actueel Evenementen Promoties

The occurrence and ecological role of plasmids in bacterial mycosphere dwellers

Promotie:Mw. M. Zhang
Wanneer:09 maart 2015
Aanvang:12:45
Promotor:prof. dr. ir. J.D. (Jan Dirk) van Elsas
Waar:Academiegebouw RUG
Faculteit:Science and Engineering
The occurrence and ecological role of plasmids in bacterial
mycosphere dwellers

Rol nieuw geïsoleerde plasmiden in de mycosfeer

Het gebied in de directe omgeving van het netwerk van schimmeldraden wordt de mycosfeer genoemd. Miaozhi Zhang richt zich in haar thesis op de bacteriën in de mycosfeer. In het bijzonder onderzocht zij (hoofdzakelijk) de plasmidegroepen IncP-1β en PromA, waarvan zij  de aanwezigheid, diversiteit, kwantiteit en evolutionaire en ecologische rol bestudeerde.

De lokale omstandigheden in de microhabitat van de mycosfeer veranderen continu met het ontstaan van nieuwe hyfen. Over evolutionaire tijd kunnen bacteriën die succesvol zijn in de mycosfeer gespecialiseerde eigenschappen hebben ontwikkeld om in deze snel veranderende omstandigheden te kunnen overleven. Horizontale gen-overdracht is de grootste drijfveer voor snelle aanpassingen in bacteriën met name overdracht door plasmiden. IncP-1 en PromA zijn twee plasmidegroepen die waarschijnlijk een belangrijke rol spelen in grondmilieus. Er is echter weinig informatie over hun rol in de mycosfeer.

Zhang heeft twee uit de mycosfeer geïsoleerde IncP-1β plasmiden gedetailleerd onderzocht, waarbij zij informatie over eigenschappen, overdrachts- en mobilisatievermogens, fenotypes, ecologische rollen en sequentie combineerde en zodoende inzicht heeft gegeven over de eerst beschreven plasmiden van de mycosfeer. Zij heeft verschillende monsters uit de mycosfeer met elkaar vergeleken. Daarbij onderzocht zij met behulp van qPCR en exogene isolatie de aanwezigheid en frequenties van plasmiden. Zij toonde aan dat de hoeveelheid IncP-1β plasmiden significant hoger is in mycosfeermonsters, maar dat PromA-plasmiden in gelijke hoeveelheden worden gevonden in de verschillende grondmonsters. Ook bepaalde Zhang de sequentie van twee nieuw geïsoleerde plasmiden en beschreef zij hun complete genomen. 

Miaozhi Zhang deed haar promotieonderzoek aan de Rijksuniversiteit Groningen bij de vakgroep Microbiële ecologie van het Groningen Institute for Evolutionary Life Sciences. Haar onderzoek werd gefinancierd met een Chinese beurs.